A seleção de espécies deve basear-se na diversidade botânica. Plantas com diferentes sistemas radiculares (raízes), hábitos de crescimento e exigências nutricionais podem ter efeito na interrupção dos ciclos de pragas e doenças, na redução de custos e no aumento do rendimento da cultura principal (soja). As principais opções são milho, sorgo, milheto (principal espécie cultivada em sucessão: safrinha) e, em menor escala, o girassol. Para a recuperação de solos degradados são indicadas espécies que produzam grande quantidade de massa verde e tenham raízes profundas e em grande quantidade. Para isso, deve-se lançar mão de consorciação de culturas comerciais e leguminosas, como, por exemplo, milho-guandu, ou de mistura de culturas para cobertura do solo, como por exemplo, braquiária + milheto, e sequências de culturas de grande potencial para produção de biomassa. Para estabelecer o consórcio milho-guandu deve-se efetuar a semeadura do milho precocemente (setembro-outubro) e, cerca de 30 dias após a emergência do milho, a semeadura do guandu, nas entrelinhas do milho.

Em áreas onde ocorre o cancro da haste da soja, o guandu e o tremoço não devem ser cultivados antecedendo a soja. O guandu, apesar de não mostrar sintomas da doença, durante o estádio vegetativo, reproduz o patógeno nos restos de cultivo. Desse modo, após o consórcio milho-guandu, deve-se utilizar uma cultivar de soja resistente ao cancro da haste. O tremoço é altamente suscetível ao cancro da haste. Assim, em áreas infestadas com nematóides de galhas da soja, não devem ser utilizados nem tremoço e nem lab lab, por serem hospedeiros e fonte de inóculo desse patógeno.

Com base em observações locais no sul do Maranhão e de acordo com as possibilidades dos cultivos das culturas componentes dos sistemas de rotação, sugere-se, ainda que preliminarmente, um esquema de rotação a ser conduzido ao longo de um ciclo de oito anos. Em cada talhão cultiva-se a soja por dois anos contínuos, seguidos por dois anos do cultivo de outras culturas (milho, arroz, algodão e sorgo). Eventualmente, podem-se ter três anos com soja, no máximo. Maior número de anos implicará em problemas mais sérios com pragas e doenças. As proporções de culturas, dentro da rotação, poderão ser alteradas em função das necessidades.