A semente de soja, por ser um embrião revestido por um fino tegumento, é muito sensível ao manuseio, o que pode acarretar injúrias mecânicas, as quais são extremamente prejudiciais às qualidades física, fisiológica e sanitária, devendo ser manuseada com cuidado visando preservá-las.

Adquirir semente de soja não é um simples ato de compra do conteúdo de alguns sacos. O agricultor não pode prescindir de uma série de informações quanto à cultivar, seu ciclo, as purezas física e varietal da semente, seu potencial de germinação, sua qualidade sanitária, seu tamanho (peneira), visto que, atualmente a população de soja por hectare para novas cultivares vem sendo reduzida a valores em torno de 200.000 a 250.000 plantas/ha, o que não permite erros na densidade de semeadura, podendo por em risco toda a instalação da lavoura e, por conseguinte, todos os investimentos a ela agregados, quer sejam o preparo do solo, a adubação, o controle de ervas daninhas, o tratamento fitossanitário e a melhor época de semeadura, visando a produtividade.

É recomendável que se instale uma lavoura de soja com semente de qualidade. Esse aspecto é fundamental para garantir o sucesso do empreendimento agrícola, sobre o qual todos os outros investimentos serão efetuados.

A operação de ressemeadura incorre em aumento de custo de produção devido a duplicação de operação, bem como da redução da produtividade, pois, à medida que se atrasa a semeadura, a redução na produtividade pode atingir valores de até 30%, o que pode comprometer a lucratividade da lavoura.

Ao decidir comprar semente, o produtor deve buscar um fornecedor idôneo, que lhe assegure o suprimento de um produto de origem conhecida e alta qualidade.

No Brasil, o Sistema Nacional de Sementes e Mudas, instituído nos termos da Lei nº. 10.711, de 05/08/2003 e de seu regulamento, objetiva garantir a identidade e a qualidade do material de multiplicação e de reprodução vegetal produzido, comercializado e utilizado em todo o país. Em decorrência dessa lei, o sistema de produção de sementes é o de certificação, que oferta sementes certificadas C1 e C2. A qualidade é garantida através de padrões mínimos de germinação, purezas física e varietal, exigidos por normas de produção e comercialização estabelecidas e controladas pelo governo federal. Além desse controle oficial, para garantia da qualidade da semente no comércio, o agricultor pode contar, também, com o apoio da "Lei de Proteção ao Consumidor".

A certificação de sementes é o sistema mais seguro e efetivo para garantir a qualidade do produto num sistema de proteção varietal.