O procedimento adequado para aplicação de fertilizantes via água de irrigação compreendem três etapas. Na primeira, deve-se funcionar o sistema de irrigação para equilibrar hidraulicamente as unidades de rega como um todo. Na segunda etapa, faz-se a injeção dos fertilizantes no sistema de irrigação, utilizando equipamentos apropriados. Deve-se levar em consideração a distancia entre o ponto de injeção e a parcela onde está aplicando os fertilizantes para determinar o tempo exato em que a solução fertilizante chaga a cada subunidade de rega.  Na terceira etapa, o sistema de irrigação deverá continuar funcionando, visando complementar o tempo total de irrigação, distribuir os fertilizantes e carrear os fertilizantes para camadas mais profundas do solo. Recomenda-se que este tempo seja igual ou maior que o tempo da segunda etapa.

Os fertilizantes para uso em irrigação podem ser agrupados em duas classes: (a) Fertilizantes "líquidos"; e (b) fertilizantes sólidos facilmente solúveis: devem dissolver-se facilmente antes do início da fertirrigação. Estes fertilizantes podem, ainda, ser apresentados na forma simples ou em combinações com dois ou mais elementos.

Para o preparo da solução, deve-se conhecer a solubilidade dos fertilizantes. Sugere-se adotar 75% da solubilidade informada pelo fabricante, uma vez que os fertilizantes contêm teores variados de impurezas e a água de irrigação possui composição química bastante distinta. Ainda, a solubilidade dos fertilizantes aumenta com o aumento da temperatura da água, conforme tabela seguinte.

Tabela 1. Adubos compostos comumente usados para preparar a solução fertilizante e/ou aplicação via água de irrigação

A escolha do fertilizante deve ser feita com base nas características de cada produto, do sistema de irrigação, da textura do solo, da qualidade da água, no custo e nas exigências nutricionais da planta.

Micronutrientes como Zn, Fe, Cu e Mn podem reagir com sais da água de irrigação e causar precipitação e entupimento dos emissores. Por isso, em muitos casos, esses micronutrientes são aplicados como quelatos, que são facilmente solúveis e causam poucos problemas de precipitação e entupimento. No solo, os micronutrientes quelatizados reagem menos e por isso são mais móveis que os sais. Em termos de aplicação via irrigação, são recomendadas doses pequenas de micronutrientes. No caso do boro, em função da sua facilidade de lixiviação, recomenda-se o seu parcelamento.

Como regra geral, dependendo da complexidade do desenho do sistema de irrigação, recomenda-se iniciar o processo com fertilizante potássico, seguido dos fertilizantes nitrogenados. A lavagem do sistema de irrigação e os tratamentos químicos reduzem essas obstruções. As propriedades que utilizam o ácido fosfórico como fonte de fósforo devem aplicá-lo no final da fertirrigação, pois pode também proporcionar a limpeza do sistema.

Uma alternativa mais recente para amenizar a complexidade da injeção de fertilizantes, via água de irrigação, é a utilização de adutoras secundárias, paralelas àquelas das unidades de rega, cuja finalidade é transportar a solução ou mistura concentrada de fertilizante até a entrada da unidade de rega específica.