A biodegradação refere-se à transformação de moléculas xenobióticas por microrganismos e a biorremediação refere-se ao uso de microrganismos para desentoxicar áreas contaminadas. A degradabilidade é vista como um atributo desejável, pois a persistência prolongada leva à contaminação de outros ambientes e também de águas subterrâneas. Três técnicas básicas de biorremediação são geralmente usadas:

a) estimulação da atividade de microrganismos indígenas, pela adição de nutrientes, regulação das condições redox, entre outros;

b) inoculação de sítios contaminados com microrganismos específicos para transformar determinados poluentes; e,

c) aplicação de enzimas imobilizadas.

As pesquisas sobre biodegradação priorizam os pesticidas mais tóxicos à vida selvagem em agroecossistemas suscetíveis à contaminação. As linhas básicas de pesquisa nessa área são:

a) biodegradação de herbicidas e fungicidas;

b) enzimas microbianas envolvidas no processo de biodegradação; e,

c) tecnologia da rizosfera - uso de rizobactérias promotoras do crescimento de plantas em biorremediação.