O desenvolvimento de métodos alternativos de controle de doenças de plantas tem por finalidade oferecer alternativas para se diminuir a dependência dos agrotóxicos e contribuir para se praticar uma agricultura que seja mais adequada às novas exigências de qualidade ambiental e de qualidade de vida da sociedade moderna. Quando comparados aos agrotóxicos, esse conjunto de métodos praticamente elimina os riscos de contaminação ambiental, os riscos à saúde humana e animal, causam menor impacto na biodiversidade e geram menores desequilíbrios biológicos por praticamente não interferirem nas populações não-alvo. A situação almejada seria incorporar esses métodos em um sistema mais abrangente: o sistema de manejo integrado dos cultivos, que agrega o estado nutricional das plantas e a ciclagem de nutrientes, a diversidade biológica nos compartimentos solo e plantas, a conservação de habitats para inimigos naturais e microrganismos antagônicos, o uso de cultivares resistentes a pragas e doenças, a manutenção adequada das condições físicas e químicas dos solos, o uso adequado da água de irrigação e a qualidade das águas superficial e subterrânea, e a interdependência de todos esses componentes. Essa nova visão envolve também uma profunda revisão do conceito de controle fitossanitário: opta-se pela adoção de medidas preventivas com o objetivo de dificultar a ocorrência de fitopatógenos em níveis populacionais que causem danos econômicos ao invés de se utilizar medidas curativas, que são usadas apenas quando as doenças já ocorrem em níveis economicamente indesejáveis. Ou seja, busca-se corrigir as causas ao invés de utilizar medidas a posteriori para diminuir os efeitos provocados pela ocorrência de fitopatógenos. Sob essa perspectiva, o uso de métodos alternativos de controle fitossanitário constitui-se em um estágio intermediário rumo ao manejo integrado dos cultivos.