O controle biológico tem sido alcançado por diversas estratégias, tanto diretas como indiretas. As estratégias indiretas incluem o uso de suplementação de matéria orgânica, por exemplo, que aumentam a atividade de antagonistas indígenas. Uma outra abordagem indireta refere-se à proteção cruzada, que envolve a indução do mecanismo de defesa da planta contra um determinado patógeno pela inoculação com uma linhagem não-virulenta. Uma estratégia direta envolve a introdução de antagonistas ao solo, à semente, aos órgãos de propagação vegetativa, ou à parte aérea.

Diversos grupos de microrganismos têm sido selecionados como potentes agentes de controle biológico, incluindo fungos, bactérias e actinomicetos. Entretanto, a maioria destes organismos têm sido testada contra fungos do solo. Muito desses, todavia, têm demonstrado resultados inconsistentes em condições de campo. Talvez, haja uma carência enorme quanto a estudos ecológicos desses microrganismos em condições naturais, como também a falta de formulações apropriadas que permitam maior estabilidade e eficácia no campo. Os melhores exemplos de utilização de antagonistas microbianos para biocontrole são Agrobacterium radiobacter, para o controle da galha causada por Agrobacterium tumefacicus, Bacillus subtilis para controle de tombamento de plântulas e Pseudomonas fluorescens, para controle de Gaeumannomyces graminis var. tritici, Pythium e Rhizoctonia solani. Estes dois últimos antagonistas também promovem o crescimento e a produtividade das plantas por produzirem hormônios de crescimento vegetal.

Foto: Itamar Soares de Melo 

Figura 1. Bacillus subtilis

Já o número de fungos utilizados no controle biológico de fitopatógenos é bem menor do que para bactérias. Aqueles mais estudados e em uso em alguns países são: Trichoderma, Peniophora gigantea e Coniothyrium minitans. Um outro grupo de bactéria que merece atenção especial quanto à bioprospecção para controle biológico diz respeito aos actinomecetos, principalmente quanto a gama de antibióticos que produzem e resistência a estresse abiótico (temperatura, umidade, e outros).