A rizosfera refere-se à região do solo influenciada pelas raízes, com máxima atividade microbiana. O crescimento das plantas é controlado substancialmente pelo solo na região radicular, um ambiente que a própria planta ajuda a criar e onde a atividade microbiana associada exerce diversas atividades benéficas. A rizosfera é importante para processos relacionados com a nutrição da planta, trocas de O2 e CO2, gradientes de unidades do solo, mineralização, amonificação, nitrificação e simbiose. A rizosfera é, pois, uma fonte de bactérias produtoras de metabólitos secundários, como auxina, antibióticos, ácidos, enzimas extracelulares, etc. Algumas dessas bactérias são potentes agentes de controle de fungos patogênicos que atacam o sistema radicular, destacando-se principalmente as bactérias do gênero Pseudomonas.

A biodegradação de alguns poluentes, como os xenobióticos, pentaclorofenol, hidrocarbonetos do petróleo, dentre tantos outros, também têm sido favorecida na presença de raízes e exsudatos. Isso porque na rizosfera há uma grande biomassa microbiana e uma maior atividade como resultado de substratos de carbono favorecido pela rizodeposição. As rizobactérias evoluíram mecanismos especializados para degradar compostos naturais complexos, como lignina, celulose, quitina, materiais húmicos e isso representa uma parte da biodiversidade. Compostos químicos sintéticos, contendo novas estruturas, fornecem oportunidade para que bactérias possam se adaptar e evoluir novas vias de degradação.

 Algumas populações da rizosfera podem aumentar o crescimento das plantas por inibirem a atividade patogênica de fitopatógenos. Os mecanismos de inibição incluem produção de antibióticos e sideróforos. Uma característica essencial desses organismos refere-se à sobrevivência na rizosfera após a inoculação. Uma população introduzida incapaz de colonizar o sistema radicular e que decline na rizosfera apresenta uma baixa capacidade competitiva com a microbiota nativa do solo. Desse modo, uma linhagem de rizobactéria ideal para ser usada, tanto na agricultura como no meio ambiente deveria ser capaz de colonizar sementes e o rizoplano das plantas e de competir com a microbiota nativa.

O Laboratório de Microbiologia Ambiental da Embrapa Meio Ambiente vem trabalhando em duas grandes linhas de pesquisa: uma básica, que envolve a ecologia e estudos de diversidade de rizobactérias e outra aplicada, envolvendo biocontrole de doenças e biodegradação de agrotóxicos.