Os conhecimentos gerados pela Embrapa Meio Ambiente nas pesquisas para a melhoria tecnológica do manejo e  da qualidade ambiental na agropecuária têm sido aplicados na instrumentalização de políticas agroambientais. Os projetos de desenvolvimento metodológico para diagnóstico rural, educação agroambiental e avaliação de impactos e de sustentabilidade das atividades produtivas rurais têm permitido a proposição de sistemas de gestão ambiental dos estabelecimentos rurais e de territórios.  A estes projetos de desenvolvimento de produtos e de processos produtivos integrados pode-se incluir a certificação ambiental como diferencial de qualidade e de competitividade, abrindo novas perspectivas de inserção no mercado e rompendo barreiras comerciais.