Alguns organismos bentônicos, isto é, que se referem ao ambiente ou habitat marinho do fundo dos oceanos, onde se fixam corais, algas e outros seres, são vetores de doenças de veiculação hídrica, como a esquistossomose, por exemplo. O molusco do gênero Biomphalaria é hospedeiro do Schistosoma mansoni, é um macroinvertebrado que habita lagos e rios de pouca correnteza. Por meio do monitoramento destes moluscos é possível se estabelecer a interação entre saúde ambiental e saúde humana.

A metodologia de coleta desses microrganismos e o coletor empregado dependerão do tipo de ecossistema aquático a ser estudado. Assim, ambientes com correnteza e de pouca profundidade usarão coletores como o Surber ou o puçá, por exemplo; já ambientes sem correnteza ou rios profundos vão utilizar dragas, como a draga de Ekman ou Van Veen, ou ainda coletores de substrato artificial (usam substratos como pedras ou folhas introduzidos no ambiente para colonização pelos organismos).

Foto: Júlio F. de Queiroz 

Figura 1. Qualidade de água

Após a coleta do sedimento este é levado para lavagem, triagem (separação dos organismos) e classificação taxonômica desses organismos. Após a identificação taxonômica, são empregadas as medidas bioindicadoras para diagnóstico da qualidade ambiental das águas.

Existe uma ampla variedade de medidas bioindicadoras usualmente empregadas no biomonitoramento - definido como o uso sistemático das respostas de organismos vivos para avaliar as mudanças ocorridas no ambiente, geralmente causadas por ações antropogênicas- podendo ser divididas em cinco categorias principais: a) medidas de riqueza, enumerações – contagem de todos os organismos coletados para estimar a abundância relativa de diferentes grupos taxonômicos (ex: número de indivíduos tolerantes ou sensíveis em ordens, famílias ou espécies, ou táxons dominantes dentro destes grupos); b) índices de diversidade (ex: índice de Shannon); c) índices de similaridade (ex: Jaccard e Morisita), d) índices bióticos – utilizam valores de tolerância pré-estabelecidos para táxons (famílias, gêneros) que foram coletados e identificados (obs: são de fácil aplicação e interpretação por leigos, porém são regionais, isto é, só podem ser aplicados para a região onde foram criados, necessitando de adaptação para novos locais); e, e) medidas tróficas – porcentagem de indivíduos de diferentes categorias funcionais de alimentação (fragmentadores, coletores, filtradores, predadores).

Após o cálculo destas medidas, os locais de coleta são comparados entre si, e então pode ser estabelecido um gradiente de contaminação ambiental (qual o local mais íntegro e o mais impactado), ou então se avaliar as mudanças temporais do corpo hídrico em estudo após o derramamento de um efluente, ou sua recuperação após o emprego de medidas mitigadoras (replantio da mata ciliar, tratamento de efluentes, controle da erosão).