O biodiesel começou a ser produzido a partir da soja, mas as constantes pesquisas permitiram que fosse extraído de outros óleos vegetais e de gordura animal. Sendo que, em muitos casos, algumas fontes de triglicerídeos apresentam características ambientais mais benéficas que a soja, uma vez que poluem menos.

Hidrocarbonetos totais são compostos controlados que apresentam em sua composição uma variedade de substâncias tóxicas que não são controladas individualmente.

Dentre estes compostos tóxicos, que causam câncer e efeitos sérios à saúde, sete são metais e estão presentes na queima dos combustíveis fósseis, o que os torna poluidores potenciais.

Ao comparar o biodiesel com diesel mineral e seus aditivos, este apresenta menor emissão de substâncias tóxicas, pois não apresenta metais em sua composição, o que o caracteriza como uma fonte de energia limpa.

No entanto, pesquisas realizadas na União Europeia relacionam o aumento de emissões de dióxido de nitrogênio (NOx) ao biodiesel, em relação ao diesel de petróleo. Porém, o crescimento desta substância não impede a expansão do biodiesel, pois este apresenta muitas vantagens em relação aos demais poluentes.

Mesmo assim, precisa ser considerado, por ser um dos precursores do ozônio troposférico, que influencia a qualidade do ar nos principais centros urbanos brasileiros. No entanto, ao ser comparado com a redução dos demais poluentes, o acréscimo desta substância pode ser desconsiderado.

Sendo assim, a busca de soluções para reduzir a formação de NOx tem sido crescente. Algumas soluções possíveis são o uso de catalisadores, modificação de parâmetros que minimizem as emissões e a alteração do tempo de ignição do combustível.

A regulagem dos motores e a colocação de catalisadores, para redução de NOx, são medidas simples já adotadas na produção de automóveis novos. Mas nem sempre são aplicáveis à frota de veículos em circulação.