Bio-hidrogênio é o nome dado para o hidrogênio produzido a partir de restos de biomassa, transformando-o em energia.

Este gás vem sendo considerado o combustível ecológico do futuro. Por ser mais limpo, emite menos CO₂ que os atuais combustíveis fósseis, reduzindo o efeito estufa e gerando energia de produtos não-alimentícios.

Porém, há pouca informação sobre métodos de produção de bio-hidrogênio, pois os processos para sua obtenção ainda estão em fase experimental nos laboratórios do mundo todo.

Apesar disto, acredita-se que o bio-hidrogênio proporcionará o barateamento no preço de comercialização de combustível para automóveis, além de ser útil para alguns setores da indústria.