Sob forma líquida, o biofertilizante contém uma complexa composição de nutrientes essenciais às plantas (principalmente nitrogênio e fósforo), atuando como fertilizante e também como defensivo agrícola, erradicando pragas, doenças e insetos.

Com um pH básico (aproximadamente 7,5), o biofertilizante também atua como corretivo de pH do solo. Além de não propagar mau cheiro e não ser poluente, a obtenção dos biofertilizantes não apresenta custo, quando comparado aos fertilizantes químicos.

A aplicação do biofertilizante nas plantações favorece a multiplicação de micro-organismos, proporcionando saúde e vida ao solo. Além disso, os biofertilizantes deixam a terra mais porosa, permitindo maior penetração do ar nas camadas mais fundas até as raízes.

Para a utilização direta na lavoura, o líquido retirado do biodigestor pode ser aplicado na região foliar ou mesmo nos caules das plantas. Outra opção é a decantação ou filtração do biofertilizante líquido, produzindo uma massa sólida que, depois de seca, pode ser aplicada direto nas covas ou no solo.

A pulverização do biofertilizante deve ser feita sempre depois de regas ou chuvas, ou nas horas mais frescas do dia. A frequência e época de adubação obedecem ao calendário de cada espécie.

O biofertilizante líquido é absorvido mais rapidamente que o sólido, mas deve ser diluído, entre 2% a 10%, em cada aplicação, de acordo com a necessidade da planta. Quando há pragas ou insetos, a dosagem pode ser maior.

Aplicações únicas não devem ser feitas, visto que podem ocorrer perdas dos nutrientes por erosão e lixiviação, como também deve haver um parcelamento da dose de nitrogênio necessária à planta. Recomenda-se a aplicação até antes da colheita, pois a planta se acostuma com o alimento, e na falta deste pode adoecer.

Cada cultura exige uma quantidade de biofertilizante; portanto, cabe ao agricultor avaliar a quantidade necessária para sua plantação. Análises em laboratório auxiliam na determinação das quantidades exatas de biofertilizantes que devem ser adicionadas ao cultivo.

Os princípios utilizados nos cálculos das quantidades de fertilizantes químicos podem ser aproveitados para os biofertilizantes, podendo obter produtividades semelhantes.

Mas a utilização de biofertilizantes deve ser controlada. Mesmo tendo inúmeras vantagens na sua utilização, o excesso de biofertilizante pode causar desequilíbrios químicos, físicos e biológicos, tornando o solo impróprio para o cultivo de certas espécies, da mesma maneira que os fertilizantes químicos.

O biofertilizante pode substituir parcial ou totalmente os adubos químicos e vem obtendo bons resultados no cultivo de cereais, pastagens e hortaliças. Porém, é importante salientar que é proibida, no Brasil, a aplicação de fertilizante proveniente de dejetos animais no cultivo de hortaliças que são ingeridas cruas.