Os mais antigos registros sobre as formações savânicas e campestres do Cerrado datam de 32.000 anos atrás e estão localizados no Brasil Central. A origem destas formações é muito discutida e a literatura conta com várias teorias que tentam explicá-la.

Há algum tempo existe a tendência em admitir que a interação dos fatores clima, da soma da flora e da fauna (denominada biota) e do solo contribuiriam de alguma forma para o aspecto geral da vegetação, tal como a observamos hoje, o que decorre tanto dos processos evolutivos geológicos quanto dos processos de sucessões ecológicas. O clima tem influência temporal na origem da vegetação. As chuvas ao longo do tempo geológico causaram um processo de decomposição dos solos (intemperismo), deixando-os pobres em nutrientes essenciais, e com alta disponibilidade de alumínio, com a ocorrência de fogo em intervalos regulares. Em função disto, a vegetação pode ser tratada como o resultado indireto do clima, induzindo-a para um equilíbrio com as condições de solo existentes.

A influência florística de outros biomas nas formações savânicas e campestres do Cerrado ainda é pouco investigada, mas estudos recentes ao comparar as relações da flora do Cerrado em relação à flora da Floresta Atlântica e da Amazônia, sugeriram maior afinidade da vegetação do Cerrado com a Floresta Atlântica, e uma possível relação com as mudanças climáticas ocorridas no período Quaternário (compreendido entre 1 milhão e 600 mil anos em relação ao presente). Na conexão dos biomas Amazônia e Cerrado estas mudanças climáticas teriam sido mais drásticas que na conexão Floresta Atlântica com o Cerrado. Os padrões de clima mais semelhantes entre Cerrado e Mata Atlântica – em que há baixas temperaturas de inverno e estação seca pronunciada – propiciaram que a flora do Cerrado (no sentido restrito), pudesse trocar elementos em maior proporção com a Floresta Atlântica do que com a Amazônia. Mas esta é uma linha de investigação a ser mais trabalhada, e ampliada para outros biomas e tipos de vegetação.