Recomenda-se que uma dada espécie (ex.: feijão) venha a ser novamente semeada no mesmo local do estabelecimento rural após um intervalo mínimo de tempo (safras), necessário para que seus restos culturais já tenham sido totalmente decompostos e os fatores interferentes e deletérios gerados durante o seu próprio cultivo antecedente tenham sido minimizados e/ou eliminados.

Dessa forma, a adoção da rotação de culturas auxilia no controle de pragas, doenças e plantas daninhas; melhora o aproveitamento residual tornando mais racional o uso de fertilizantes; melhora a qualidade biológica do solo e do ambiente como um todo; auxilia significativamente o controle da erosão; diminui custos de produção devido ao menor uso de insumos; aumenta a produtividade (produção por unidade de área); incrementa a biodiversidade; aumenta a estabilidade produtiva e torna a economia do estabelecimento rural mais sustentável, visto que esta não depende apenas de um só produto.

As culturas de soja e de milho ocupam grande extensão de áreas destinadas à produção de grãos, especialmente no Brasil Central. Mas, na maioria das vezes, os sistemas produtivos constituem uma sequência simples em que a soja, semeada no verão, é seguida pelo milho segunda safra ("safrinha"), ano após ano. Tal sistema produtivo não caracteriza rotação, mas, sim, monocultura, composta pela sequência anual soja/milho safrinha. A adoção dessa sucessão simples, apenas, não atende aos fundamentos do Sistema Plantio Direto (SPD), pois embora haja semeadura direta e, imediatamente após a colheita do milho, razoável aporte de palha, não há cobertura contínua do solo com cultivos biodiversificados, e não há rotação das espécies no espaço e no tempo. A não observância dos princípios da rotação de culturas compromete, ao longo dos anos, a produtividade e os custos de produção, devido, entre outros aspectos, ao aumento de doenças, de pragas e de plantas daninhas específicas e, em alguns casos, menor disponibilidade de alguns nutrientes de plantas.

Os esquemas de rotação podem variar de região para região, em função de clima, solo e de aspectos culturais e econômicos. Em termos gerais, deve-se visar: organizar, no espaço e no tempo, espécies de diferentes famílias vegetais que, devido aos hábitos de crescimento e fisiologia, beneficiem, de alguma forma, a cultura subsequente (ex.: nabo forrageiro/milho - nabo forrageiro/milheto/algodão - soja - canola/milho) e o ambiente como um todo; e prever intervalo mínimo de tempo para retorno do cultivo de uma espécie numa mesma área, principalmente se esta for susceptível a pragas e doenças e se seus resíduos forem fonte de inóculos ou hospedeiros de pragas para a própria cultura e a outras plantas (ex.: o algodão só deve voltar a ser cultivado numa mesma gleba após intervalo mínimo de dois anos).

A definição de esquemas de rotação deve basear-se tanto em conhecimento científico (pesquisa regional) como na experiência e no saber local e, especialmente, sobre efeitos de uma cultura na subsequente. Antes de soja pode-se cultivar, por ex., algodão (Gossypium hirsutum L), milho (Zea mays L), milheto (Pennisetum americanum), aveia preta (Avena strigosa Schreb) ou branca (Avena sativa L.) ou gramíneas forrageiras (Brachiaria sp e Panicum sp).

Como culturas antecessoras ao milho sugerem-se, entre outras, as leguminosas: soja (Glycine max Merrill,), crotalária (Crotalaria juncea L.), mucuna preta (Stizolobium aterrimum), mucuna cinza (Mucuna cinerea) ou ervilhaca peluda (Vicia villosa Roth). Outras espécies como o nabo forrageiro também são sugeridas para anteceder o milho.

O arranjo das espécies, no tempo e no espaço, além de atender os objetivos técnicos preconizados, a médio e longo prazo, também deve permitir a maximização das oportunidades de comercialização dos produtos. O nabo forrageiro (Raphanus sativus L), por exemplo, é excelente antecessora para o milho e, além de seus efeitos ambientais (descompactação, reciclagem, etc.), os grãos, que contém alto teor de óleo (40-54%), com boas características para uso como combustível (biodiesel), podem ser comercializados para este fim.

O plano de rotação de culturas deve ser flexível podendo sofrer modificações, em função de certas condições, como as definidas pelo mercado, por exemplo. Assim, numa determinada safra, pode-se introduzir uma sequência não planejada, mesmo que essa sequência seja tecnicamente pouco recomendável. Ressalta-se, entretanto, que essa situação não deve se repetir, ao longo do tempo e do espaço, e muito menos tornar-se rotina.

Embora seja possível, esporadicamente, cultivar uma sequência de espécies de mesma família, tipo gramínea-gramínea, por ex.: braquiária - milho, a manutenção desse esquema por mais de uma safra, por promover, entre outros aspectos, a quebra do equilíbrio ambiental que no SPD está em plena construção, pode também inviabilizar economicamente o sistema produtivo. Vale lembrar que um esquema do tipo  braquiária/milho tenderá a aumentar os custos de produção, pois bons rendimentos e lucros com a cultura do milho exigirão, entre outras providências, adubação com dose mais elevada de nitrogênio e aplicações adicionais para controle de pragas e de doenças. Isso ressalta a importância de se alternar as espécies (gramínea-leguminosa-composta) ao longo do tempo.