A necessidade de calcário em Sistema Plantio Direto (SPD) deve ser definida, a cada dois anos, com base na análise química das amostras compostas coletadas na camada 0-10 cm (conforme sugerido no item amostragem do solo) e, se necessário, a calagem é então realizada.

Normalmente, em solos em SPD, verifica-se discreta acidificação da camada superficial do solo, em decorrência da aplicação de fertilizantes que geram acidificação (como a uréia e o sulfato de amônio), da remoção de bases (cálcio, magnésio) pela colheita e da lixiviação (movimento em profundidade de substâncias dissolvidas na água do solo) de nitratos, sulfatos e elementos como o potássio. No entanto, devido ao Al dissolvido na água do solo (Al⁺³ na solução do solo) se ligar a compostos orgânicos, verifica-se menor atividade deste elemento, ou seja, a capacidade do Al⁺³ de provocar a toxidez às culturas é diminuida, fazendo com que no SPD a quantidade de corretivo agrícola a ser aplicada seja reduzida se comparada ao preparo convencional do solo.

A dose de calcário a ser aplicada é a metade da dose sugerida pelo método de saturação por bases para o Sistema Convencional (para a camada 0-20 cm), não devendo superar 2 t/ha. Além disso, na Região do Cerrado sugere-se que a saturação por bases fique em torno de 50-60%. A aplicação do calcário, que deve apresentar granulometria fina (critérios de escolha da definição do tipo e parâmetros de neutralização total do corretivo, devem seguir recomendações oficiais), deve ser a lanço, sem incorporação, antes do início da estação das chuvas.

Trabalhos desenvolvidos em diversas regiões do País demonstraram a viabilidade de aplicação de calcário em superfície, em áreas sob longo período de adoção do SPD, principalmente em solos mais arenosos, onde incrementos nos valores de pH e nos teores de cálcio, após a calagem superficial, são detectados na subsuperfície em períodos relativamente curtos. Esses efeitos ocorrem predominantemente até a profundidade de 10 cm, mas podem atingir até as camadas abaixo de 20 cm. O deslocamento dos efeitos da calagem superficial em subsuperfície é atribuído a três mecanismos: deslocamento de partículas de calcário em função da infiltração de água através dos macroporos, canalículos de raízes das culturas anteriores, galerias de organismos (micro, meso e macrofauna) e dos planos de fraqueza do solo; deslocamento do cálcio no perfil do solo com nitratos e sulfatos liberados durante a mineralização do material orgânico e também na forma de complexos de compostos orgânicos solúveis; e a mistura da camada superficial pelos organismos do solo, transportando resíduos orgânicos enriquecidos com partículas de calcário e formando "sítios de matéria orgânica" enriquecidos com Ca e Mg.

Pesquisas têm mostrado respostas de algumas culturas como a soja à aplicação de gesso após a fase de consolidação do SPD (a partir do quarto ano de implantação) no suprimento de cálcio e na redução da Al⁺³ tóxico. Nesse caso, a dose de gesso deve ser 25% daquela recomendada para o calcário, e sua aplicação pode ser da mesma forma e na mesma época da calagem.