No manejo do Sistema Plantio Direto (SPD) consolidado, além do manejo da fertilidade do solo, outros aspetos devem ainda ser considerados. Entre estes, incluem-se a reavaliação dos dados gerados pelo monitoramento dos ganhos ambientais e econômicos, a readequação de desvios de práticas ou de culturas não satisfatórias.

Ganhos ambientais são difíceis de serem avaliados ou exigem conhecimento de métodos mais complexos. Mas avaliações da qualidade da água de mananciais podem ser feitas por órgãos governamentais e auxiliariam a melhorar a avaliação do sistema produtivo. Além disso, o ressurgimento no local de espécies de aves podem ajudar a identificar a melhoria ambiental embora também seja de difícil avaliação quantitativa.

Os produtos (plantas e/ou animais bem como possíveis formas de transformação) e o desenho do sistema produtivo devem ser definidos ou redefinidos. A produção pode ser baseada em sistemas de lavouras anuais (lavoura de grãos; de grãos + fibras; de grãos + fibras + energia; etc.), lavouras semiperenes e perenes (sistema agroflorestal) e, lavouras e pecuária – agropastoril (lavouras anuais + criação) ou agrosilvipastoril (cultivos anuais + perenes + criação).

Quanto mais diversificado for o sistema produtivo, maiores e melhores serão os impactos ambientais positivos, mas o manejo e a organização da produção também serão mais complexos, exigindo atenção e cuidados específicos.

As plantas devem começar a receber atenção diferenciada quanto ao controle de pragas e doenças no SPD visto que a rotação deve minimizar a necessidade de aplicação de produtos químicos. Além disso, deve-se considerar a adoção de técnicas que levem ao menor uso de insumos. Nesse caso, biofertilizantes líquidos ou sólidos, além de serem coadjuvantes no processo de nutrição vegetal, podem auxiliar a aumentar a resistência das plantas às fontes de inóculos e às pragas, minimizando a dependência de insumos externos, os custos de produção e os impactos ambientais deletérios típicos de produtos químicos comumente usados na agricultura tradicional. Além disso, o caminho para formas de agricultura com menor dispêndio de energia e que produzam menor impacto possível para o ambiente como a agricultura orgânica, está nessa fase completamente aberto dependendo de decisões mais aprofundadas de conscientização e desenvolvimentpo de novas alternativas, um dos princípios fundamentais do SPD.

A manutenção e melhoria do conjunto de máquinas e equipamentos deve ser feita pelo menos uma vez ao ano. O funcionamento, principalmente dos bicos de pulverização e dos sistemas de controle da pressão do pulverizador devem ser reavaliados pelo menos nessa periodicidade. O mesmo pode ser dito sobre o sistema rompedor/sulcador, dos dosadores e unidades de acabamento de sulco, no caso da semeadora e, dos sistemas de corte da plataforma, de limpeza de sementes e de distribuição de resíduos da colheitadora.

Os funcionários precisam ser continuamente atualizados quanto a novos conhecimentos relativos aos insumos bem como sobre a utilização de máquinas e de equipamentos.

As questões de logísticas de transporte e de colocação dos diferentes produtos no mercado devem ser discutidas e suas limitações devem ser minimizadas, sempre de forma participativa, de modo a que os produtos sejam colocados no mercado e atinjam os consumidores finais de forma segura e com a maior qualidade possível.