A conceituação – e uso – de alimentos funcionais ganhou impulso no início dos anos 80, no Japão, visando à redução de custos com medicamentos. Foi implantado um programa denominado FOSHU (Foods for Specified Health Use), por meio do qual os alimentos deveriam ser baseados em ingredientes naturais, deveriam ser consumidos como parte da dieta alimentar e deveriam cumprir funções específicas no organismo, como, por exemplo, a melhoria dos mecanismos de defesa biológica, ou seja, a imunidade; ou prevenir algum tipo de doença.

Os alimentos tidos como funcionais devem, então, contribuir para a melhoria das condições físicas e mentais, do estado geral de saúde e para retardar o processo natural de envelhecimento das células.

Existem diferentes definições para o termo "alimento funcional” porém, em todas elas o fundamento é o mesmo. Ou seja, para que sejam considerados alimentos funcionais, estes devem ser consumidos na dieta usual, nas quantidades normais e, além das suas propriedades nutricionais básicas, devem ter características tais, em função da sua composição, que contribuam para a prevenção de doenças.

Como reportado na literatura, alimentos funcionais são todos os alimentos ou bebidas que, consumidos na alimentação cotidiana, podem trazer benefícios específicos à saúde, graças à ação de substâncias que atuam na fisiologia do organismo humano.

Para a legislação brasileira, um alimento pode apresentar alegação de conter uma propriedade funcional se ele tiver um papel metabólico ou fisiológico, pelo nutriente ou não nutriente, no crescimento, desenvolvimento, manutenção e outras funções normais do organismo humano.

Entre as principais classes de alimentos considerados como funcionais, podem-se destacar os probióticos, que são micro-organismos vivos que contribuem para o desenvolvimento da flora microbiana no intestino; os prebióticos, as fibras alimentares ou oligossacarídeos não digeridos pelas enzimas digestivas, que contribuem para a regulação e metabolismo gastrointestinal; os antioxidantes, que incluem uma grande gama de substâncias como as vitaminas A (carotenóides), C (ácido ascórbico) e E (tocoferol) e os compostos fenólicos, como os flavonóides e ácidos fenólicos, que exercem papel importante na proteção contra os radicais livres; e os ácidos graxos, ômega 3, ômega 6 e ácido linoléico conjugado, substâncias que têm demonstrado possuir diferentes propriedades terapêuticas como anti-inflamatória e anticoagulante, além de contribuir para a redução do colesterol.

Sabe-se que muitos alimentos tradicionalmente consumidos pela população possuem características interessantes sob o ponto de vista da saúde, respaldadas por conhecimentos empíricos a respeito de suas propriedades. Entretanto, no Brasil, por exemplo, para a maioria dos alimentos consumidos com tais alegações, principalmente em relação aos vegetais tropicais, existem poucas informações científicas que relacionem diretamente o efeito daqueles sobre a saúde.