A higienização é feita obedecendo a duas etapas: limpeza e sanitização. Na etapa de limpeza é feita a remoção dos resíduos orgânicos e minerais presentes nas superfícies, e na sanificação é feita a redução da carga microbiana em níveis satisfatórios, havendo eliminação dos micro-organismos patogênicos.

O procedimento geral de higienização é feito em quatro etapas. A primeira é a pré-lavagem na qual é realizada a remoção de 90% de sujidades com a temperatura em torno de 40°C. A etapa seguinte é a lavagem, que é feita com o uso de detergentes, e que têm como finalidade retirar as sujidades aderidas nas superfícies a serem limpas.

Após, no enxágue é feita a remoção dos resíduos e também do detergente aplicado na limpeza. Como última etapa é feita a sanificação imediatamente após o uso do equipamento.

Antes de dar início a um programa de higienização, é necessário que haja conhecimento do tipo de resíduo que será removido, natureza da superfície e métodos de higienização aplicados, pois todos estes fatores são importantes na escolha dos agentes de limpeza e sanificação.

Tipo de resíduos:

Os principais resíduos são os carboidratos cuja remoção é fácil. As gorduras, proteínas e sais minerais têm remoção um pouco mais difícil.

Tipo de detergente:

Estes resíduos são removidos na etapa de limpeza por meio do detergente alcalino (com destaque para a soda cáustica ou hidróxido de sódio) quando o objetivo é remover carboidratos, proteínas e gorduras e detergente ácido (ácido clorídrico, fosfórico e nítrico) para a remoção de minerais.

Tipo de sanitizante:

Para a sanitização, o agente amplamente utilizado é o cloro, notadamente o hipoclorito de sódio. Entretanto, para seu uso é preciso observar os cuidados com os Equipamentos de Proteção Individual (EPI) pois o cloro tem atuação eficiente contra os micro-organismos e seus esporos mas é afetado pela matéria orgânica, o que implica em constante controle na sua aplicação. Um agente que apresenta boas características em termos de eficiência e não é afetado pela matéria orgânica é o acido peracético que, em comparação com o cloro, é mais caro. Agentes físicos como calor (água quente, ar quente e vapor) também podem ser usados nesta etapa.

Método para aplicação da limpeza e sanitização:

Dentre os métodos de higienização, o manual é o mais simples e é feito com esponjas, escovas etc. Os detergentes utilizados apresentam baixa alcalinidade com temperatura de no máximo 45 °C.

A higienização por imersão é utilizada para utensílios e partes desmontáveis de equipamentos, e também é utilizada para a limpeza de interior de tachos e tanques.

A higienização por circulação, também conhecida como CIP (cleaning in place), é um sistema que permite que equipamentos e tubulações sejam higienizados sem que haja a necessidade de desmontá-los. Permite também que sejam utilizadas soluções detergentes mais fortes e a temperaturas mais elevadas quando comparada com outros métodos.

Material adequado para equipamentos, superfície, utensílios:

Dentre as possíveis superfícies utilizadas na indústria de alimentos, destaca-se que a madeira deve ser evitada devido a sua porosidade que impede a aplicação de um programa de higienização eficiente. O vidro, devido à possibilidade de quebra e com isso oferecer risco aos operadores, deve ser também evitado com exceção das embalagens e janelas. O concreto é facilmente danificado pelos agentes de limpeza, portanto, com exceção de almoxarifado, deve ser evitado. O melhor material é o aço inoxidável que, embora mais caro, é totalmente adequado por resistir bem aos programas usuais de higienização e, por isso, é muito vantajoso em termos sanitários.