Desde a sua origem, todos os alimentos, de origem animal ou vegetal, podem estar contaminados com microrganismos como fungos, leveduras e bactérias colocando em risco a sua segurança microbiológica. Isso torna os surtos de DTA comuns em todo o mundo, sendo considerado um problema de saúde pública em vários países.

Diante dessas ocorrências são necessárias medidas de controle de vários pontos para garantir a segurança e qualidade dos alimentos que chegam aos consumidores.

De uma forma geral, tomando o Brasil como exemplo, dois pontos fundamentais são saneamento básico (incluindo qualidade da água para o preparo dos alimentos) e educação sanitária da população mais desfavorecida. Uma vez resolvidas essas duas questões, é importante esclarecer a população sobre as determinações da Vigilância Sanitária e do Ministério da Agricultura, de modo que o consumidor conheça os pré-requisitos para escolher um alimento seguro para consumo no supermercado.

Em nível de agricultura, um pré-requisito é a implantação de Boas Práticas Agrícolas (BPA) que abrangem todo o cultivo desde o preparo do solo, passando pela colheita até o transporte e distribuição dos alimentos, de modo a garantir alimentos seguros (inócuos e de boa qualidade).

Na indústria, é necessário aplicar ferramentas de qualidade como as Boas Práticas de Fabricação (BPF), que, como em BPA, têm o princípio de garantir produtos seguros abrangendo a escolha da matéria-prima, o processamento, o transporte e a distribuição desses produtos.

Tanto BPA como BPF são procedimentos de controle utilizados para gerar um produto com segurança microbiológica, e inserem barreiras para eliminar ou reduzir a multiplicação de microrganismos em alimentos de modo a minimizar a ocorrência de surtos de DTA.

Ainda que todos os pontos da cadeia de produção de alimentos sejam respeitados, estudos comprovam que a maioria dos surtos de origem alimentar acontece em casa por não existir educação da população.

A Segurança Microbiológica deve ser orientada para garantir a saúde da população. Isso envolve uma postura ecológica dos governos uma vez que engloba aspectos sociais, econômicos e culturais, muito além dos básicos aspectos físicos, biológicos e geográficos, ou seja, Saúde Pública. Contudo, o desenvolvimento científico e tecnológico em todo o mundo vem atender às exigências de segurança pelos órgãos de saúde de vários países para as indústrias de alimentos, mas as medidas governamentais de segurança microbiológica dos alimentos ainda não conseguem atingir grandes camadas da população. As escolas de nível fundamental não ensinam "segurança dos alimentos". Apenas profissionais que têm formação para trabalhar com alimentos (engenheiros de alimentos, nutricionistas, cientistas de alimentos, tecnólogos e técnicos em alimentos, economistas domésticos, profissionais com graduação em gastronomia e áreas afins) são atingidos por essas medidas por força da profissão. Citando indivíduos com alta escolaridade, outras áreas da Saúde como a área de medicina, raramente são afetadas por essas medidas. Muitos profissionais que tratam de toxinfecção alimentar em emergências de hospitais não são informados sobre segurança microbiológica dos alimentos.

As leis para alimentos no Brasil são completas e, se forem cumpridas, a disseminação de, por exemplo, bactérias através dos alimentos pode ser diminuída. Existe legislação para rotulagem, mas não existe um programa de educação para leitura de rótulos, por exemplo.

A ANVISA tem a RESOLUÇÃO - RDC Nº 13, DE 2 DE JANEIRO DE 2001 considerando que a presença de Salmonella em carne de aves e seus miúdos crus, resfriados ou congelados existe de forma crítica, e é um problema mundial, não existindo medidas efetivas de controle que possam eliminá-la da carne crua e, por isso, determina que no rótulo desses produtos estejam escritos os dizeres "Consuma somente após cozido, frito ou assado completamente". Porém, poucos consumidores leem o rótulo do frango antes de prepará-lo.

A Resolução - RDC nº 35, de 17 de junho de 2009 dispõe sobre a obrigatoriedade de instruções de conservação e consumo na rotulagem de ovos. É importante que a população tenha o conhecimento de que o ovo pode conter Salmonella, no entanto faz-se necessário saber que a Salmonella é um microrganismo que morre com o calor. Temperaturas de cocção acima de 74ºC no interior do alimento garantem que todas as células de Salmonella sejam destruídas. Isso serve tanto para ovos cozidos ou fritos, quanto para frangos assados ou fritos (o frango vem do ovo, portanto o pintinho já nasce com Salmonella). Dessa forma, o que as pessoas devem saber é que não se deve consumir gemada, ovo quente ou ovo com gema mole, em casa ou em restaurantes. Em lojas de conveniência, confeitarias ou padarias o consumidor deve ser informado se o ovo utilizado é cru ou pasteurizado quando for consumir merengues, glacês ou mousses. A opção de consumo passa a ser dele.

As bactérias são o maior grupo de microrganismos de interesse em alimentos. Elas podem ser classificadas como deteriorantes, quando causam alterações nas propriedades sensoriais (cor, aroma, sabor, textura, viscosidade e aspecto geral do alimento) como patogênicas, quando causam doenças no consumidor ou como microrganismos que causam alterações benéficas modificando as suas características originais e transformando-o em um novo alimento.

Especificamente as bactérias patogênicas podem causar DTA. Assim, a segurança microbiológica do alimento industrializado pode ser definida como um conjunto de normas de produção, transporte e armazenamento usadas para minimizar os perigos de contaminação e garantir que os alimentos não sejam veículo de DTA, estando adequados para consumo.

Em relação aos fungos, eles são divididos em fungos filamentosos (bolores) e leveduras. Sua ocorrência é mais comum em alimentos com baixo percentual de água e/ou elevada porção de lipídios como amêndoas e castanhas, por exemplo. Os fungos são os principais perigos biológicos destes alimentos. Seu risco está na produção de micotoxinas por algumas espécies. Estes compostos, ao serem ingeridos, acumulam-se no organismo causando uma série de transtornos, desde ataques ao fígado a alguns tipos de câncer.