O início da colheita do maracujá varia de 6 a 9 meses após o plantio definitivo no primeiro ano. A colheita pode ser realizada em função do tempo entre a polinização e o amadurecimento do fruto, que está entre 60 e 70 dias. Os produtores geralmente têm tomado como ponto de colheita a coloração amarela dos frutos e aqueles caídos ao chão. Tais frutos são catados, porém a qualidade é prejudicada devido a contaminação e injúrias à casca. Além disso, encontram-se iniciando a senescência.

Os frutos devem ser colhidos com um a dois centímetros de pecíolo, coloração da casca com mais de 30% amarela, 16 oBrix e depositados em caixas ou sacolas para serem transportados à casa de embalagem. Isso deve ser realizado duas a três vezes por semana e quando se quer frutos com maior vida útil. Os frutos caídos no chão são indicados para indústria, quando são consumidos em até cinco dias e, também devem ser colhidos duas a três vezes por semana.

O transporte para a casa de embalagem deve ocorrer no máximo 12 horas após a colheita para seleção, onde são descartados os murchos, sem pedúnculo, lesionados, verdes, com sintomas de ataque de mosca-das-frutas e doenças. Os frutos colhidos no chão devem ser lavados com detergente e enxaguados com água clorada. Os pedúnculos devem ser reduzidos para 0,5 cm.

Para um maior período de armazenamento recomenda-se o tratamento dos frutos contra doenças causadas por fungos do gênero Diplodia e Penicillium. O uso de embalagem de polietileno de baixa densidade, com 25 - 40 micras de espessura e perfurações com 0,5 cm de diâmetro, a cada 60 cm2 de superfície, associado a baixas temperaturas de armazenamento (10oC e 80-85% de umidade relativa do ar) possibilita a conservação por 40 dias. Os frutos devem ser refrigerados a temperaturas próximas à de armazenamento antes de embalados.