Devido ao sistema radicular pouco profundo, o controle de plantas invasoras deverá ser realizado com a capina manual nas linhas de plantio no raio de 50 cm do colo da planta e utilização de roçadeira nas entrelinhas. Não é recomendado o uso de grade ou enxada rotativa em pomares já estabelecidos, pois podem causar ferimentos que facilitarão a entrada de patógenos de solo. O uso de enxadas deverá ser com cuidado pelo mesmo motivo. Não existem herbicidas registrados pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento para a cultura do maracujazeiro.

O uso da cobertura morta é bastante vantajoso, pois protege o terreno contra erosão e temperaturas elevadas, enriquecendo-o de matéria orgânica e facilitando o controle de plantas daninhas. No primeiro ano é feita em qualquer época após o plantio e nos anos seguintes após a poda de manutenção. O material utilizado pode ser uma camada de capim seco sem sementes, restos de cultura de milho, folhas de bananeira, etc. no caso de adubo verde como cobertura morta, deixam-se linhas mais próximas das linhas de maracujá cortadas, porém sem incorporá-las, aproximando esse material sob as plantas de maracujá.