A colheita dos frutos é feita manualmente, aplicando-se uma leve torção para o lado e para cima, ou então, realizando-se um corte, com uma tesoura de poda, um pouco acima do ponto de inserção do pedúnculo com o fruto. Para colheita nas plantas adultas e de grande porte, é necessária a utilização de escadas e tesoura ou varas providas de cestos coletores.

Independentemente do sistema a ser utilizado na colheita, os frutos devem ser colhidos no estádio de maturação “de vez”, já que eles não amadurecem integralmente na planta e, por serem climatéricos, atingem a maturação naturalmente, após serem destacados da planta.

Os vasos lactíferos que estão presentes em quase todos os tecidos e órgãos do sapotizeiro, com o corte, liberam um látex leitoso, cuja quantidade é inversamente proporcional ao estádio de maturação do fruto; isto é, quanto mais próximo da maturação, menor é a quantidade de látex exsudada Essa exsudação, resultante da colheita deve ser minimizada tanto quanto possível, ainda no campo. A ação do látex sob os frutos recém–colhidos é extremamente prejudicial à sua aparência e à preservação da qualidade, por isso o contato entre eles deve ser evitado, recomendando-se a sua imersão em um tanque com água, contendo detergente do tipo de uso doméstico, durante alguns minutos. Os frutos devem ser espalhados sobre uma lona e postos a secar em local bem ventilado, e em seguida selecionados e embalados. No Brasil, não existem ainda caixas apropriadas para acondicionamento e embalagem do fruto, sendo comum a utilização de cestos para comercialização nas feiras livres e mercados públicos, e em bandejas de isopor nas grandes redes de supermercado.

O ponto de colheita do sapoti é determinado quando o fruto atinge o seu desenvolvimento máximo ou a maturação fisiológica; sendo este ponto, contudo, de difícil percepção visual ou sensorial, uma vez que neste estádio não se verifica nenhuma mudança aparente na cor ou na firmeza do fruto. Como o fruto imaturo contém látex, a realização da colheita quando o fruto alcança a maturação plena, torna-se crítica para a sua qualidade pós-colheita. A dificuldade em se fixar o ponto ideal de colheita deve-se também à floração irregular do sapotizeiro; podendo-se encontrar na planta, frutos em todos os estádios de desenvolvimento

Na Zona da Mata de Pernambuco, região onde se concentra a principal área de produção de sapoti do estado, a colheita da cultivar. Chocolate e de outras seleções, é feita no período de maio a julho. Para a cultivar Itapirema-31, considerada de maturação tardia, a colheita se inicia em setembro e prolonga-se até novembro. Outro critério utilizado em Pernambuco para colheita do sapoti, leva em consideração a coloração da superfície da casca; que quando se encontra no ponto ideal de colheita, apresenta, após fricção com os dedos e uma leve ranhura com as unhas, uma tonalidade creme-amarelada, em contraste com a cor verde-cana dos frutos imaturos.

Sua conservação em condições ambientais é muito curta. Uma vez atingida a maturação plena, ou seja, o ponto ideal de consumo, o fruto deteriora-se rapidamente, durando apenas 2 a 8 dias. Todavia, é possível conservar a cultivar Itapirema 31 por até 3 semanas à temperatura de 100°C, sem comprometimento da qualidade do fruto.