À semelhança das pragas, as doenças até aqui registradas não têm se constituído fator limitante para o cultivo do sapotizeiro na Zona da Mata de Pernambuco. A doença fúngica mais comum registrada no sapotizeiro, tem como agente causal Septoria sapotae, que ataca plantas jovens, ainda em viveiros, e adultas, sendo que a severidade do ataque provoca efeitos mais danosos sobre as plantas jovens. Os sintomas típicos da doença são inicialmente a formação de pequenas pontuações amareladas, que evoluem posteriormente formando manchas alongadas de até 6 ou 7 cm de comprimento. Essas lesões, quando numerosas, levam inevitavelmente à queda prematura das folhas.

Várias cochonilhas podem levar o mofo preto da fumagina, causado pelo fungo Capnodium sp., aos ramos, folhas e frutos Sua ocorrência é muito frequente nos sapotizeiros da Zona da Mata de Pernambuco. Trata-se de uma doença que afeta de forma adversa o desenvolvimento das plantas, e em particular, a atividade fotossintética das folhas. O mofo se desenvolve em decorrência das secreções expelidas por pulgões e cochonilhas, formando uma massa de esporos escuros que fica aderida à superfície foliar. A fumagina desaparece quando se faz o controle dos insetos.