As podas geralmente executadas no sapotizeiro são as de formação e de limpeza. A primeira é realizada quando a muda apresentar 0,60 a 0,80 m de altura, fazendo-se a redução do seu tamanho para 0,50 m e deixando-se 3 a 4 ramos para a formação da copa. Também deverão ser eliminados todos os ramos que aparecerem abaixo do ponto de enxertia. A segunda poda ou de limpeza consiste na retirada de ramos secos, quebrados, infestados com pragas, mal formados e aqueles que tocam o chão. Deve ser realizada sempre após a colheita.