Esta escolha deve ser feita de acordo com as finalidades de exploração, resistência a pragas e doenças e maior produtividade. Dentre as cultivares existentes, deve-se escolher aquelas que melhor se adaptem às condições da região. As cultivares chamadas mandiocas (bravas, amargas ou tóxicas) por causa do elevado teor de HCN (ácido cianídrico) são aquelas utilizadas principalmente na transformação industrial, produção de farinha de mesa por exemplo. As cultivares chamadas macaxeiras (de mesa, mansas, doces ou aipins), possuem um baixo teor de HCN, sendo permitido o seu consumo in natura na alimentação humana.

Variedades de mandioca indicadas para a Mata Sul de Pernambuco: Branquinha, Pai Antônio, Verdinha, Itapissuma, Campinas e Roxinha entre outras.

Variedades de macaxeiras indicadas para a Mata Sul de Pernambuco: Rosinha, Mãe de Família, Estrangeira e Manteiga entre outras.