Diversas instituições governamentais federais atuam direta ou indiretamente no Território da Mata Sul, sejam os Ministérios (Desenvolvimento Agrário; Desenvolvimento Social e Combate à Fome; Saúde; Educação; entre outros) e suas secretarias, na implantação, execução e acompanhamento de programas e projetos, ou instituições vinculadas como a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) e seu Centro de Pesquisa e Gestão de Recursos Pesqueiros do Litoral Nordeste (Cepene), Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), Centro de Tecnologias Estratégicas do Nordeste (Cetene), Instituto Federal de Ensino, Ciência e Tecnologia de Pernambuco (IFPE), Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama), Companhia de Pesquisa de Recursos Minerais (CPRM), Companhia Hidro Elétrica do São Francisco (Chesf), Superintendência do Desenvolvimento do Nordeste (Sudene) e Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (DNIT).

O Banco do Brasil possui agências nos municípios de Água Preta, Amaraji, Barreiros, Catende, Escada, Palmares, Quipapá, Ribeirão, Rio Formoso e Sirinhaém. O Banco do Nordeste atua no território, mas não possui agências, sendo as mais próximas localizadas nos municípios de Vitória de Santo Antão e Recife. A Caixa Econômica Federal possui agências apenas nos municípios de Barreiros, Escada e Palmares, no entanto a sua rede de casas lotéricas está presente em todas as cidades. Apesar de não possuírem campi no território, as Universidades Federal e Federal Rural de Pernambuco realizam atividades de pesquisa e extensão em diversos municípios.