A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), vinculada ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, foi criada em 26 de abril de 1973. Sua missão é viabilizar soluções de pesquisa, desenvolvimento e inovação para a sustentabilidade da agricultura, em benefício da sociedade brasileira. A Embrapa atua por intermédio de Unidades Descentralizadas de Pesquisa e de Serviços e de Unidades Administrativas, estando presente em quase todos os estados da Federação e nos mais diferentes biomas.

Para ajudar a construir a liderança do Brasil em agricultura tropical, a Embrapa possui 9.248 empregados (em 2011), dos quais 2.215 são pesquisadores — 18% com mestrado, 74% com doutorado e 7% com pós-doutorado. Possui ainda Laboratórios Virtuais no Exterior (Labex), na Europa (França, Reino Unido e Holanda), Estados Unidos da América, Coreia do Sul e China, além de unidades de transferência de tecnologia na África (Gana, Moçambique, Mali e Senegal), Venezuela e Panamá.

Está sob a sua coordenação o Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária (SNPA), constituído por instituições públicas federais, estaduais, universidades, empresas privadas e fundações, que, de forma cooperada, executam pesquisas nas diferentes áreas geográficas e campos do conhecimento científico.

Em Pernambuco, a Embrapa mantém três Unidades, a Embrapa Semiárido (Petrolina), o Escritório de Negócios da Embrapa Transferência de Tecnologia, também em Petrolina, e a Unidade de Execução de Pesquisa e Desenvolvimento do Recife, que pertence à Embrapa Solos (Rio de Janeiro). Além dessas três, a atuação no Território da Mata Sul Pernambucana é realizada por meio da Embrapa Tabuleiros Costeiros (Aracaju, SE), que, no âmbito da Embrapa, detém o mandato sobre a Zona da Mata Nordestina; Embrapa Mandioca e Fruticultura (Cruz das Almas, BA); Embrapa Algodão (Campina Grande, PB); e Embrapa Informação Tecnológica (Brasília, DF).

Em 2008, foi criado no Município de Catende, PE, o Núcleo Piloto de Informação e Gestão Tecnológica para a Agricultura Familiar do Território da Mata Sul Pernambucana (NAF Mata Sul), um dos quatro núcleos pilotos do Programa de Apoio à Inovação Tecnológica de Novas Formas de Gestão na Pesquisa Agropecuária (Agrofuturo) da Embrapa, com recursos aportados pelo Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID). A implantação do NAF Mata Sul foi um grande avanço no fortalecimento da presença da Embrapa na Mata Sul, antes realizada apenas pela Embrapa Solos, cuja atuação é feita desde a criação da Empresa, por meio dos levantamentos de solos e zoneamentos, com destaque para o zoneamento da região em escala 1:100.000.

Atualmente, diversos projetos de pesquisa e desenvolvimento e de transferência de tecnologia estão em execução, em parceria com diversas instituições que atuam no Território. Destacam-se trabalhos envolvendo o sistema de produção de banana, a segunda cultura em importância para a região; mandioca; amendoim; pesquisas em recursos genéticos de coco e mangaba, em pedologia e manejo e conservação de solos. Deve-se ressaltar a implantação do projeto Minibibliotecas em cinco municípios e do programa de rádio Prosa Rural veiculado por diversas emissoras do território.