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O sucesso do cultivo de hortaliças depende, em grande parte, da qualidade das mudas utilizadas, que devem ser uniformes e ter vigor, isentas de qualquer doença e de insetos-praga. A Fazendinha produz anualmente cerca de 150 mil mudas de hortaliças, a partir do uso de tecnologias adaptadas à realidade da agricultura orgânica. As mudas das hortaliças são produzidas em bandejas de poliestireno expandido, sob ambiente protegido, o que reduz substancialmente a incidência de doenças e pragas, evita danos causados por chuvas e ventos, proporciona condições ambientais mais uniformes quanto à umidade e temperatura do ar e facilita o manejo da irrigação. A estufa utilizada na Fazendinha é um modelo de baixo custo, desenvolvido pela Pesagro-Rio para atender agricultores familiares. É simples e eficiente, utilizando materiais encontrados localmente em casas de material de construção.

O substrato para o desenvolvimento das mudas também é produzido na própria Fazendinha, sendo uma alternativa adequada e de custo reduzido para uso na produção de mudas orgânicas. Os ingredientes geralmente mais utilizados são húmus de minhoca (84-85%), obtido da vermicompostagem do esterco de curral, fino de carvão (15%) e torta-de-manona (1-2%). Essa formulação tem se mostrado promissora tanto para produção de hortaliças folhosas quanto para hortaliças de fruto, constituindo-se em uma alternativa adequada e de custo reduzido na composição de substratos para mudas orgânicas.

O húmus é obtido a partir da vermicompostagem do esterco bovino proveniente do rebanho leiteiro da própria Fazendinha. Depois de estabilizado, o húmus é peneirado e solarizado para inativação de ervas e eventuais patógenos, e, em seguida, recebe um percentual de fino de carvão vegetal, um resíduo de carvoaria que melhora a aeração do substrato, sendo proveniente do processamento de madeira de reflorestamento, e de torta-de-mamona, produto facilmente encontrado no mercado de insumos agropecuários, rico em macroelementos essenciais, particularmente o nitrogênio. 

Outra técnica utilizada para produção de substrato é a gongocompostagem, que trata da reciclagem de resíduos orgânicos de origem vegetal por meio da ação de gongolos (Trigoniulus corallinus), também conhecidos como piolhos-de-cobra, pequenos invertebrados que possuem sistema bucal triturador, podendo agir sobre materiais fibrosos como palhada de bananeira, bagaço de cana-de-açúcar e grama seca. O composto gerado dá origem, em aproximadamente 90 dias, a um substrato para produção de mudas rico em nutrientes.