O então Centro Nacional de Pesquisa de Algodão (CNPA), atual Embrapa Algodão, foi criado em 16 de abril de 1975 por meio da deliberação nº19/75, da Diretoria Executiva da Embrapa, e implantado em 31 de outubro do mesmo ano, nas antigas instalações do Departamento de Produção Mineral, em Campina Grande, na Paraíba, com a missão de coordenar, planejar e executar pesquisas com algodão no Brasil.

Inicialmente, as atividades da Embrapa Algodão contemplavam duas linhas de atuação, sendo a primeira voltada para a cultura do algodoeiro arbóreo   de grande expressão socioeconômica na região Nordeste   e a segunda dirigida para o algodoeiro herbáceo, com maior ênfase na região Centro-Oeste.

Em 1985, a infestação das lavouras de algodão pelo bicudo levou a Unidade a buscar novas alternativas de pesquisa, lançando cultivares de algodão precoce e integrando ao seu portfólio de pesquisa as culturas do amendoim, mamona, gergelim e sisal.

Na década de 1990, a Embrapa Algodão passou a promover pesquisas para o desenvolvimento de cultivares de algodoeiro adaptadas às condições do Cerrado brasileiro   inicialmente no Mato Grosso, depois em Goiás e na Bahia.

O marco da consolidação da cotonicultura no Cerrado foi a obtenção e distribuição da cultivar CNPA ITA 90, a partir de 1992. As variedades de algodão naturalmente colorido começaram a ser lançadas em 2000. A primeira cultivar foi a BRS 200 Marrom, seguida pela BRS Verde, BRS Safira, BRS Rubi e BRS Topázio, todas indicadas para o Nordeste brasileiro.

Hoje, a Embrapa Algodão desenvolve pesquisas e inovações nas áreas de controle biológico, biotecnologia, mecanização agrícola, qualidade de fibras de algodão, sanidade vegetal, entre outras.