A Embrapa Algodão conta com dez laboratórios, onde são realizadas análises de solo e água, análises de qualidade de fibras de algodão, teor de óleo de sementes e identificação de pragas e doenças associadas às culturas fibrosas e oleaginosas trabalhadas. Conta ainda com um auditório com capacidade para 100 pessoas e uma biblioteca. 
 

Laboratórios

A Embrapa Algodão dispõe de modernos laboratórios nas áreas de Solos e Água, Nutrição de Plantas, Tecnologia Química, Biotecnologia, Fisiologia Vegetal, Cultura de Tecidos, Entomologia, Fitopatologia e Tecnologia de Fibras e Fios.

Campos Experimentais

Para execução de seus projetos de pesquisa, em parceria com instituições nacionais e internacionais, a Embrapa Algodão possui oito campos experimentais localizados nos municípios de Monteiro e Patos (Paraíba), Barbalha e Missão Velha (Ceará), Luiz Eduardo Magalhães e Irecê (Bahia), Sinop (Mato Grosso) e Santo Antônio de Goiás (Embrapa Arroz e Feijão), além de diversos pontos de pesquisa no Brasil e no exterior.