A Embrapa Amapá é uma das 43 Unidades Descentralizadas da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), vinculada ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA). Foi criada em 1980 como Núcleo de Pesquisa Agropecuária do Amapá, administrativamente vinculado ao Centro de Pesquisa Agropecuária do Tópico Úmido (CPATU), atualmente Embrapa Amazônia Oriental. Em 13 de agosto de 1981, foi desvinculado do CPATU, passando à Unidade de Execução de Pesquisa de âmbito Territorial do Amapá (UEPAT), do ainda Território Federal do Amapá. E em 1991, com identidade definida, passou a ser o Centro de Pesquisa Agroflorestal do Amapá (CPAFAP), atendendo as necessidades do fortalecimento das ações de pesquisa, inovação e tecnologias sobre o desenvolvimento do estado do Amapá, incluindo as relações de fronteiras na bacia Amazônica do País.