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Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urochloa spp. Tetraploids. Autoria: MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2019
Genome-wide detection of signatures of selection in indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds using whole-genome re-sequencing data. Autoria: PERIPOLLI, E.; REIMER, C.; HA, NGOC-THUY; GEIBEL. J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SIMIANER, H.; SILVA, M. V. G. B. Background: The cattle introduced by European conquerors during the Brazilian colonization period were exposed to a process of natural selection in different types of biomes throughout the country, le... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2020
Development of Protein and Transcript Databases Expressed During ventcum Maximum X Bipolaris Maydis Interaction, using Data Generated From High-Throughput sequencing Methods. Autoria: MEIRELES, K. G. X.; JANK, L.; FERNANDES, C. D.; BRAGA, D. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2013
Assessment of copy number variants in three Brazilian locally adapted cattle breeds using whole-genome re-sequencing data. Autoria: PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Further characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective p... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2023
SisGen: a corba-based data management program for DNA sequencing projects. Autoria: PAPPAS JUNIOR, G. J.; MIRANDA, R. P.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. C. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. Autoria: ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be avaluable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2019
Specific Quality Control is essential for Next-Generation Sequencing data usage: case studies in Illumina data from algae, yeasts and plants. Autoria: PORTO, B. N.; STEINDORFF, A. S.; BRITO, L. S. de; FORMIGHIERI, E. F. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
Candidate genes for tick resistance in cattle: a systematic review combining post-GWAS analyses with sequencing data. Autoria: SANTOS, C. G. dos; SOUSA, M. F.; VIEIRA, J. I. G.; MORAIS, L. R. de; FERNANDES, A. A. S.; LITTIERE, T. de O.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; BONAFÉ, C. M.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Rhipicephalus microplus causes huge losses in cattle. Host genetic background greatly affects the immune efficiency in resistance or susceptibility to tick infestation, which is one of the many factor... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2022
In silico detection of a defective genomic RNA of Grapevine leafroll-associated virus 4 strain 5 in High-Throughput Sequencing data. Autoria: SILVA, J. M. F.; BLAWID, R.; NAGATA, T.; FAJARDO, T. V. M. Grapevine leafroll disease (GLRD) is one of the most economically important viral diseases affecting grapevines (Maliogka et aI., 2015). Repositório: BDPA Ano de publicação: 2018
Genomic regions associated with drought tolerance in upland rice landraces: linking experimental data from QTL mapping and EST sequencing. Autoria: PESSOA-FILHO, M.; LINS, T. C. de L.; RABELLO, A. R.; MEHTA, A.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2011

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