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Analysing protein-protein interface using JPIV. Autoria: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Short Abstract: In this work we present Java Protein Interface Viewer (JPIV). It is a web-based software designed to visualize and analyse protein-protein interfaces. It uses Delaunay triangulation in... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Autoria: MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are st... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2014
Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Autoria: NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what ate the consequences for in-silico analysis of the active site 3D environment after implementing rem... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Autoria: RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010
The Diamond Sting server. Autoria: NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Multiple Structures - Selected Parameter (MSSP) 2D Plot. Autoria: NESHICH, G. The Multiple Structures - Single Parameter 2D module allows a user to compare, in a simple yet intuitive 2D plot, any one of the 150 different sequence, structure, function and stability parameters /... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010
Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. Autoria: HIGA, R. H.; TOZZI, C. L. In this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2009
An integrated database of structural parameters for protein analysis. Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. Short Abstract: STING_DB is a relational database composed of structural parameters for protein analysis operating with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own da... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Autoria: FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. Abstract. PDB-Metrics (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/pdb_metrics/index.html) is a component of the Diamond STING suite of programs for the analysis of protein sequence, structure and function.... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006

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