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Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Autoria: BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. We propose a new empirical scoring function for binding affinity prediction modeled based on physicochemical and structural descriptors that characterize the nano-environment that encompass both ligan... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
The Diamond STING Server. Autoria: NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. Autoria: HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. This article is intended to show how Sting Millennium Suite of programs can be useful in the study of protein structure and analysis of its function, emphasizing recent improvement introduced to SMS.... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2004
The Diamond Sting server. Autoria: NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Multiple Structures - Selected Parameter (MSSP) 2D Plot. Autoria: NESHICH, G. The Multiple Structures - Single Parameter 2D module allows a user to compare, in a simple yet intuitive 2D plot, any one of the 150 different sequence, structure, function and stability parameters /... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010
Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Autoria: NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
STING database quality assessment. Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.; RODRIGUES, D. N.; SOUZA, K. R. R.; MORITA, D. U.; ALMEIDA, G. V.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. Short Abstract: Inaccurate or inconsistent data can hinder our ability to interpret the research results. An effective data quality strategy can help the research to better handle its scientific objec... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Autoria: NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Structural parameters to filter crucial catalytic site aminoacids from fructose 1,6-bisphosphate aldolase. Autoria: BRANDÃO, M. M.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Short Abstract: In this work we demonstrate the minimum structural parameters needed to isolate the active site of the fructose 1,6-bisphosphate aldolase, using the Diamond STING suite. DSs is a web b... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Soybean gene express: plataforma para análise de expressão diferencial e bibliotecas substrativas de cDNA. Autoria: NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; VITORINO, J. C.; IWATA, M.; MITANI, E. A.; BINNECK, E. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010

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