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Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. Autoria: JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Autoria: HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two ali... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
A comparison between internal protein nanoenvironments of ?-helices and beta-sheets. Autoria: MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. In this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2020
13C ss-NMR Singular value decomposition and fitting for sorghum proteins conformation elucidation. Autoria: RIBEIRO, T. S.; SCRAMIN, J. A.; RODRIGUES, J. A. S.; BERNARDES FILHO, R.; COLNAGO, L. A.; FORATO, L. A. Kafirins, water-insoluble proteins from Sweet Sorghum BR501 grains, have been an alternative to prepare edible coatings for food due to their hydrophobic character. In this work, the secondary structu... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2022
Contacts as the key elements for comparing two protein structures. Autoria: MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Short Abstract: TopSiMap (Topological Similarity Map) is and interactive tool which is part of the Star Sting Suite (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS).As contacts pattern is very conserved in each... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
The Diamond Sting server. Autoria: NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Electrostatic potential calculation for biomolecules - creating a database of pré-calculated values reported on a per residue basis for all PDB protein structures. Autoria: ROCCHIA, W.; NESHICH, G. Abstract. STING and JavaProtein Dossier provide a collection of physical-chemical parameters, describing protein structure, stability, function, and interaction, considered one of the most comprehensi... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2007
The Diamond STING Server. Autoria: NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Detection and molecular characterization of Grapevine yellow speckle viroid 1 isolates infecting grapevines in Brazil. Autoria: FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O. Presently, Hop stunt viroid(HSVd) and Citrus exocortis viroid (CEVd) are the only viroids reported to infect grapevines (Vitis spp.) in Brazil, among the seven viroid species already reported infectin... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
Cloning and initial characterization of cellulolytic enzymes selected in a metagenomic approach. Autoria: FAHEEM, M.; VIDAL, J. F. D.; FERNANDES, J. P. C.; OLIVEIRA. G. M.; CAROLINE, C. F.; SOUTO, B. de M.; PARACHIN, N. S.; QUIRINO, B. F.; BARBOSA, J. A. R. G. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2013

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