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Autoria: MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W.

Short Abstract: TopSiMap (Topological Similarity Map) is and interactive tool which is part of the Star Sting Suite (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS).As contacts pattern is very conserved in each... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: MAZONI, I.; KUSER, P.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.

Short Abstract: The Multiple Structures - Single Parameter STING module allows a user to compare variety of structure parameters from different protein structures in a simple yet intuitive 2D pilot. T... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: ROCCHIA, W.; NESHICH, G.

Abstract. STING and JavaProtein Dossier provide a collection of physical-chemical parameters, describing protein structure, stability, function, and interaction, considered one of the most comprehensi... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2007

Autoria: NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M.

ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, d... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G.

ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistic... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: NESHICH, G.

Blue Star STING suite of programs for comprehensive analysis of structure, function and stability of proteins and their complexes, has matured over a decade of development. We will present the in sili... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2012

Autoria: JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G.

We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB.

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2008

Autoria: TOGAWA, R. C.

This thesis describes the development of a novel approach for prediction of the three-dimensional structure of transmembrane regions of membrane proteins directly from amino acid sequence and basic tr... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.

Short Abstract: The Protein Ligand Contacts ? the new STING module allows a user to compare the contacts established between the ligand and the protein together with the variety of other structure par... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JUNIOR, W.

Short Abstract: Topologs (Topology Homologous) is a tool which is part of the Star Sting Suite (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS). It is a structural classification of proteins totally based on th... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

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