Com mais de 70 anos de existência, sua história de pioneirismo e liderança teve início em 1943, como sede do Instituto Agronômico do Sul – IAS, criado pelo Ministério da Agricultura para coordenar as ações de pesquisa agropecuária em toda a Região Sul do Brasil. Nos últimos 40 anos, a partir da criação da Embrapa, sua história institucional evoluiu paralelamente à sua vocação para o desenvolvimento de tecnologias para os sistemas de produção de terras baixas, que abrangem oito milhões de hectares na Região Sul do país.

Nesse contexto as ações de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação (PD&I) concentram-se na cadeia produtiva do arroz irrigado, por sua grande importância econômica e social para a região e para o país, contemplando também a diversificação da produção de grãos (soja, sorgo, milho, trigo) e a integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF).

Com forte atuação na cadeia produtiva do leite, a ETB abriga o SISPEL – Sistema de Pesquisa e Desenvolvimento em Pecuária de Leite - instância física e operacional que inclui equipe de pesquisa e parceiros, rebanho experimental da raça Jersey, instalações de manejo e laboratórios (reprodução animal, nutrição animal). Destaque para o Laboratório de Qualidade de Leite, credenciado pelo MAPA, e que faz parte da Rede Brasileira de Laboratórios de Qualidade de Leite – RBQL.

A programação de pesquisa da ETB inclui projetos em melhoramento genético de arroz, trigo, feijão, soja, milho, sorgo e forrageiras. Pesquisas para sistemas de produção de bubalinos, e projetos nos temas de agrobiodiversidade (sementes crioulas), novos insumos (xisto agrícola), e agroenergia, com moderna planta experimental para produção de etanol a partir de sorgo sacarino, mandioca, batata-doce e grãos.

Localiza-se na ETB a Estação Climatológica de Pelotas, operacionalizada em parceria com a UFPEL, cujo acervo conta com 140 anos de registro ininterrupto de dados. Também o Laboratório Oficial de Análise de Sementes – LASO, com 50 anos de pesquisa e serviços prestados ao setor produtivo.