A Unidade tem sua sede localizada à 8 km da entrada principal da cidade de Pelotas, junto à BR 392, no Km 78. Neste local estão os principais gestores, os diferentes setores administrativos e funcionam as instalações de pesquisa mais avançadas, como laboratórios especializados e casas de vegetação, além das áreas de comunicação, transferência de tecnologias, bibliotecas e demais setores de apoio à pesquisa. Pesquisas com olerícolas e fruteiras de clima temperado são os principais destaques desta base física,onde são realizadas pesquisas nas áreas de melhoramento e demais atividadades dos sistemas de produção. Na área de transferência, destaca-se a infra-estrutura física onde são produzidas as peças de comunicação impressa e eletrônica, como é o caso do programa de televisão Terra Sul.