O Centro de Pesquisa Agropecuária de Cocais e Planícies Inundáveis – CPACP (Embrapa Cocais) foi criado pela Resolução do Conselho de Administração Empesa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa n° 87, de 14 de dezembro de 2009. Até meados da década de 1990 a Pesquisa Agropecuária no Estado do Maranhão era feita e liderada pela Empresa Maranhense de Pesquisa Agropecuária – EMAPA, até meados da década de 1990. Ao tempo em que a EMAPA estava sendo extinta, verificava-se uma crescente demanda por respostas tecnológicas para o agronegócio regional, o que levou a Embrapa a repensar sua forma de atuação, vindo a criar o Centro de Pesquisa Agropecuária do Meio-Norte - Embrapa Meio-Norte, objetivando contribuir para o desenvolvimento sustentado da região. A Embrapa Meio-Norte cumpria com uma agenda de pesquisa e transferência de tecnologias em parceria com outras Unidades da Embrapa e alguns setores do Estado do Maranhão. No entanto, devido a grande demanda por tecnologias agropecuárias os representantes do setor produtivo, políticos e governo estadual solicitavam frequentemente, ao Governo Federal, a criação de uma unidade de pesquisa da Embrapa no Estado, como uma forma de impulsionar o desenvolvimento tecnológico da agricultura e, consequentemente do Estado. Com a previsão de se aumentar e diversificar significativamente as atividades em P&D e TT no estado, dada pela crescente demanda por tecnologia e pela pressão das forças do setor produtivo de políticos locais, além do incipiente núcleo de P&D e TT naquele momento, a Presidência da Republica sinalizou a criação de novas unidades da Embrapa para serem instaladas nos Estados onde ainda não existia e sugeriu a criação de três novas Unidades de Pesquisa. Assim, o conselho de Administração da Embrapa aprovou a criação de uma Unidade da Embrapa no Estado do Maranhão.

A implantação da base física da Embrapa em Balsas ocorreu em 1986 e foi denominada de Unidade Avançada de Apoio aos Programas Nacionais de Pesquisa – UAAPNP. A UAAPNP foi extinta em 01 de setembro de 1989, após decisão da Diretoria-Executiva da Embrapa. No mesmo ano passou a ser denominada de Campo Experimental do Centro Nacional de Pesquisa de Soja – CNPSO/C.E.
 
Em 2011, com a criação do Centro de Pesquisa Agropecuária de Cocais e Planícies Inundáveis (CPACP), nome síntese Embrapa Cocais, o campo experimental transformou-se na Unidade de Execução de Pesquisa – CPACP/UEP-Balsas.

O Campo Experimental foi adquirido pelo Governo do Maranhão através da Emapa e doado à Embrapa em 1973, ficando a serviço da Emapa/Governo do Maranhão até a criação da Embrapa Cocais em 14 de dezembro de 2009, quando passou a integrar a estrutura desse centro de pesquisa.