O Centro de Pesquisa Agropecuária de Cocais e Planícies Inundáveis – CPACP (Embrapa Cocais) foi criado pela Resolução do Conselho de Administração da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa n° 87, de 14 de dezembro de 2009. Até meados da década de 1990, a Pesquisa Agropecuária no Estado do Maranhão era feita e liderada pela Empresa Maranhense de Pesquisa Agropecuária – EMAPA. No entanto, com a extinção da EMAPA, surgiu uma crescente demanda por respostas tecnológicas para o agronegócio regional, o que levou a Embrapa a repensar sua forma de atuação, resultando na criação do Centro de Pesquisa Agropecuária do Meio-Norte - Embrapa Meio-Norte, com o objetivo de contribuir para o desenvolvimento sustentado da região.

A Embrapa Meio-Norte cumpria uma agenda de pesquisa e transferência de tecnologias em parceria com outras Unidades da Embrapa e alguns setores do Estado do Maranhão. Entretanto, devido à grande demanda por tecnologias agropecuárias, representantes do setor produtivo, políticos e o governo estadual frequentemente solicitavam ao Governo Federal a criação de uma unidade de pesquisa da Embrapa no Estado, como uma forma de impulsionar o desenvolvimento tecnológico da agricultura e, consequentemente, do Estado.

Com a previsão de aumentar e diversificar significativamente as atividades em P&D e TT no estado, dada pela crescente demanda por tecnologia e pela pressão das forças do setor produtivo e de políticos locais, além do incipiente núcleo de P&D e TT naquele momento, a Presidência da República sinalizou a criação de novas unidades da Embrapa para serem instaladas nos Estados onde ainda não existiam, sugerindo a criação de três novas Unidades de Pesquisa. Assim, o conselho de Administração da Embrapa aprovou a criação de uma Unidade da Embrapa no Estado do Maranhão.

Em 2025, a Embrapa Cocais passou a se chamar Embrapa Maranhão, marcando o início de um novo ciclo com uma missão renovada e uma atuação expandida para atender às demandas de todo o estado do Maranhão.

A implantação da base física da Embrapa em Balsas ocorreu em 1986 e foi denominada de Unidade Avançada de Apoio aos Programas Nacionais de Pesquisa – UAAPNP. A UAAPNP foi extinta em 01 de setembro de 1989, após decisão da Diretoria-Executiva da Embrapa. No mesmo ano passou a ser denominada de Campo Experimental do Centro Nacional de Pesquisa de Soja – CNPSO/C.E.
 
Em 2011, com a criação do Centro de Pesquisa Agropecuária de Cocais e Planícies Inundáveis (CPACP), nome síntese Embrapa Cocais até então, o campo experimental transformou-se na Unidade de Execução de Pesquisa – CPACP/UEP-Balsas.

No ano de 2025, com a mudança de nome síntese, passou a ser Embrapa Maranhão - UEP-Balsas.

O Campo Experimental foi adquirido pelo Governo do Maranhão através da Emapa e doado à Embrapa em 1973, ficando a serviço da Emapa/Governo do Maranhão até a criação da Embrapa Cocais em 14 de dezembro de 2009, quando passou a integrar a estrutura desse centro de pesquisa.