O período crítico para o controle de plantas invasoras vai dos 20 a 30 dias após o plantio até o quarto ou quinto mês. A partir daí, a lavoura começa a fechar, o que reduz o desenvolvimento de plantas infestantes. Dentre os métodos de controle, tem-se as recomendadas pré-limpeza e a monda (capina manual) no topo das leiras, utilizando-se de outros métodos (químico ou mecânico) entre as leiras.

A pré-limpeza consiste em efetuar-se o preparo das leiras, sem efetuar o plantio de imediato, permitindo assim a germinação ou a brotação das plantas invasoras, que podem então ser facilmente eliminadas por dessecação com glifosato. O plantio deve ser efetuado alguns dias após a aplicação. Isso retarda por 40 a 50 dias a necessidade de iniciar o controle do mato. Quando se efetua o plantio em SPDH, esse método é naturalmente usado.
Atualmente, existe somente um herbicida (Linuron) registrado para a cultura da mandioquinha-salsa. A Anvisa regulamenta a possibilidade de extensão de uso de alguns agroquímicos para culturas com suporte fitossanitário insuficiente, tendo no caso da mandioquinha-salsa por referência as culturas da cenoura e da batata.