A Embrapa Agroindústria Tropical foi criada em 1º de abril de 1993, com a missão de "Gerar, promover e difundir conhecimentos científicos e tecnológicos para o desenvolvimento sustentado da agroindústria tropical", conforme o primeiro Plano Diretor da Unidade (PDU).

Teve sua origem no Centro Nacional de Pesquisa de Caju (CNPCa), instituído em 27 de abril de 1987 para atender as demandas do agronegócio caju. Entretanto, percebendo sinais e aspirações da sociedade, promoveu, mediante planejamento estratégico realizado entre 1991 e 1993, a ampliação da sua missão para atuar com produtos e processos demandados pela agroindústria tropical, de forma mais abrangente. A partir daí, passou de "Centro de Produto"; para "Centro Temático", com a denominação de Centro Nacional de Pesquisa de Agroindústria Tropical e nome síntese Embrapa Agroindústria Tropical.

Sua missão é viabilizar soluções tecnológicas, competitivas para o desenvolvimento sustentável da agroindústria tropical do País, mediante a geração, adaptação transferência de conhecimentos e tecnologias em benefício da sociedade. 

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Criada em 1975, a Embrapa Algodão tem sede em Campina Grande, PB, e atua em todo o País, na geração de tecnologias, produtos e serviços para as culturas do algodão, mamona, amendoim, gergelim e sisal.

Inicialmente, suas atividades contemplavam duas linhas de atuação, sendo a primeira voltada para a cultura do algodoeiro arbóreo - de grande expressão socioeconômica na Região Nordeste - e a segunda dirigida para o algodoeiro herbáceo, com maior ênfase na Região Sul.

Em 1985, a infestação das lavouras de algodão pelo bicudo levou a Unidade a buscar novas alternativas de pesquisa, lançando cultivares de algodão precoce e integrando as culturas de amendoim, mamona, gergelim e sisal a seu portfólio de pesquisa. Foi o ponto de partida para o desenvolvimento de sistemas de produção e lançamento de 2 cultivares de amendoim, 3 de gergelim e 2 de mamona.

Na década de 90, a Embrapa Algodão passou a promover pesquisas para o desenvolvimento de cultivares de algodoeiro adaptadas às condições do Cerrado brasileiro - inicialmente no Mato Grosso, depois em Goiás e na Bahia. O marco na consolidação da cotonicultura no Cerrado foi a obtenção e distribuição da cultivar CNPA ITA 90, a partir de 1992. Desde então, foram lançadas outras 14 cultivares de algodão para o Cerrado brasileiro, que hoje correspondem a aproximadamente metade da área plantada no Brasil.

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O Centro Nacional de Pesquisa de Caprinos foi instituído por um Grupo de Trabalho composto pelos técnicos José Luiz Fernandes Zoby, Raymilson Viana, Geanete Nascente Hermandorena, Waldecy Ferreira dos Santos, Paulo Ernani Siqueira de Araújo e Everardo Valadares de Sá Barreto Sampaio, que tinha como objetivo preparar o anteprojeto de implantação do novo centro de pesquisa. No dia 13 de junho de 1975 a Diretoria-Executiva da Embrapa cria o Centro Nacional de Pesquisa de Caprinos, cuja publicação se deu no Boletim de Comunicações Administrativas (BCA), sob o nº 022/75, de 26 de junho de 1975.

O novo centro foi localizado provisoriamente em Fortaleza, em uma sala da então sede da Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Pacajus), até que fosse adquirido um imóvel para sua sede na cidade de Sobral, CE.

Em meados de novembro de 1976 foi então alocado um imóvel situado na Rua Conselheiro José Júlio, nº 286, em Sobral, onde seria a sede provisória do Centro Nacional de Pesquisa de Caprinos (CNPC), local onde funcionou do dia 4 de abril de 1977 a 20 de março de 1980.

Finalmente, em 21 de março de 1980, inaugurava-se sua nova e definitiva sede na base física do imóvel rural denominado Fazenda Três Lagoas, projetada dentro dos padrões arquitetônicos dos mais modernos até então adotados pela Embrapa.

O primeiro chefe-geral, Artur Silva Filho, passou 6 meses à frente da recém-criada Unidade de Pesquisa, sendo depois substituído por Darlan Filgueira Maciel.

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O Centro de Pesquisa Agropecuária de Cocais e Planícies Inundáveis – CPACP, com Sede no Município de São Luís no Estado do Maranhão, foi criado em 14 de dezembro de 2009, como órgão integrante da estrutura descentralizada da Embrapa, por meio da Resolução do Conselho de Administração nº 87.

A Diretoria Executiva da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, em reunião realizada em 28 de fevereiro de 2011, aprovou seu Regimento Interno, por meio da DELIBERAÇÃO Nº 12, DE 28 DE FEVEREIRO DE 2011, definindo como assinatura síntese: Embrapa Cocais.

A Embrapa Cocais é uma unidade ecorregional e tem como missão institucional viabilizar soluções de pesquisa, desenvolvimento e inovação para a sustentabilidade da agricultura nos ambientes de Cocais e Planícies Inundáveis, com ênfase no segmento da agricultura familiar, em benefício da sociedade.

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O Centro Nacional de Pesquisa de Mandioca e Fruticultura Tropical, localizado em Cruz das Almas, BA, é uma Unidade Descentralizada da Embrapa, na categoria de Centro de Referência de Produtos, diretamente subordinado ao diretor-presidente da Empresa. O Centro foi criado pela Deliberação nº 24, de 13 de junho de 1975, da Diretoria Executiva da Embrapa, com o objetivo de executar e coordenar pesquisas que aumentassem a produção e a produtividade dos produtos, a melhoria de sua qualidade, a redução dos custos de produção e viabilidade do aproveitamento de áreas ainda sub-utilizadas para mandioca, produtos cítricos, banana, abacaxi, manga, mamão, maracujá e acerola.

O projeto de implantação da Unidade Embrapa Mandioca e Fruticultura, no qual constam o programa de pesquisa e as prioridades regionais, foi elaborado com ampla participação de especialistas de diferentes estados e instituições do País, sendo aprovado pela Diretoria Executiva da Embrapa em 19 de fevereiro de 1976, quando tiveram início, efetivamente, os trabalhos da Unidade. 

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A pesquisa agropecuária no Estado do Piauí teve início em março de 1967 com a criação da Estação Experimental Apolônio Sales (EEAS), vinculada ao Departamento Nacional de Pesquisa Agropecuária (DNPEA). Em 1972, a EEAS foi transformada em Estação Experimental de Teresina (EET), passando a ser de responsabilidade do estado do Piauí, mediante convênio entre o Ministério da Agricultura e da Secretaria de Agricultura do Estado do Piauí.

A Deliberação nº 028/75, de 13 de junho de 1975, extingue a EET, criando, logo em seguida, em agosto do mesmo ano, a Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual de Teresina (Uepae de Teresina), com a finalidade de gerar, adaptar e difundir tecnologias agropecuárias para o Estado do Piauí.

Em 28 de julho de 1986, por meio da Deliberação nº 011/86, é criado o Centro Nacional de Pesquisa de Agricultura Irrigada (CNPAI), na cidade de Parnaíba, PI, com o apoio do PROINE.

O processo de Modernização Institucional da Embrapa e a Implantação do Planejamento Estratégico, permitindo uma maior integração político-institucional tem início em 1991, com um modelo de pesquisa centrado na demanda.

Dois anos depois, com a Deliberação nº 007/93, de 22 de março de 1993, é criado o Centro de Pesquisa Agropecuária do Meio-Norte, cujo nome-síntese é Embrapa Meio-Norte, pela fusão do Centro Nacional de Pesquisa de Agricultura Irrigada e a UEPAE de Teresina, com abrangência nos estados do Piauí e Maranhão.

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A Embrapa Semiárido, criada em 23 de janeiro de 1975, no Município de Petrolina, PE, é um Centro de Referência Ecorregional. Seu projeto de implantação foi marcado por uma programação de pesquisas de temas relacionados aos recursos naturais, à agricultura irrigada, à agricultura dependente de chuvas e ao manejo da caatinga para a produção animal. As atividades de pesquisa planejadas à época foram influenciadas pelas diretrizes do Polonordeste, que afirmava ser a região heterogênea e, por essa razão, não podia ser tratada como um todo, pois a diversidade sub-regional e mesmo microrregional tornavam inadequados os programas uniformes e padronizados.

A Unidade destaca-se como uma instituição pioneira no País em trabalho de pesquisa e adaptação de tecnologias de convivência com o semi-árido que vem subsidiando inúmeros programas governamentais em diversos estados brasileiros, em países da África e da América Central. Além disso, tem contribuído no avanço do conhecimento e com tecnologias que favorecem a implantação e o desenvolvimento dos pólos de irrigação, tornando-se também referência nas pesquisas para agricultura irrigada. 

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O Centro de Pesquisa Agropecuária dos Tabuleiros Costeiros (CPATC), uma das Unidades da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), foi implantado em 1º de abril de 1993, em Aracaju, SE.

A sede da Embrapa Tabuleiros Costeiros ocupa uma área de 16,1 hectares e dispõe de amplas e modernas instalações, com 5.500 m2 de área construída, destinada aos prédios da administração e da área técnica, biblioteca, laboratórios, casas de vegetação, garagem e outras edificações de apoio.

Para o desenvolvimento dos trabalhos de pesquisa, a Unidade dispõe de quatro Campos Experimentais nos municípios de ltaporanga D`Ajuda, Betume, Umbaúba e Nossa Senhora das Dores, todos em Sergipe, além de outras áreas experimentais utilizadas em parceria com Empresas Estaduais de Pesquisa do Nordeste e produtores rurais. 

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