Em 30 anos de existência, a Embrapa Acre tem se dedicado a viabilizar soluções para o desenvolvimento sustentável do espaço rural amazônico com foco no agronegócio e no uso dos recursos naturais e socioeconômicos do Acre por meio da geração, adaptação e transferência de conhecimentos e tecnologias em parceria com diversas instituições.

A Unidade tem um campo experimental de 1.200 hectares próximo a Rio Branco, capital do estado, onde estão instalados os pesquisadores, a biblioteca e os laboratórios de sementes, biotecnologia, fitopatologia, entomologia, bromatologia e tecnologia de alimentos. Ainda este ano, será inaugurado o Laboratório de Transferência de Embriões. Em Cruzeiro do Sul, município no extremo oeste do Acre, existe um Núcleo de Transferência de Tecnologia.

Sua principais pesquisas são na área de Manejo florestal, Manejo de fauna, Manejo e conservação do solo, Silvicultura com teça, Sistemas Agroflorestais, Avaliação de plantas amazônicas com potencial inseticida, Avaliação de plantas para produção de biodiesel, Manejo de castanhais nativos e elaboração de produtos derivados de castanha-do-brasil para a agroindústria, Caracterização de acessos a plantas medicinais, Produção animal com tecnologias para pequenos e grandes produtores, Pecuária sustentável na Amazônia, Recuperação de pastagens e áreas degradadas, Sistemas de produção familiar (mandioca, banana, café, pupunha, cupuaçu e açaí) e Produção de plantas a partir da cultura de tecidos.

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A pesquisa agropecuária na região Amazônica foi iniciada em 1939, quando foi criado o Instituto Agronômico do Norte (IAN), transformado, em 1962, em Instituto de Pesquisa Agropecuária do Norte (IPEAN). Em 1980 foi criado o Núcleo de Pesquisa Agropecuária do Amapá, administrativamente vinculado ao Centro de Pesquisa Agropecuária do Trópico Úmido (CPATU), atualmente denominado Embrapa Amazônia Oriental, com o objetivo de gerar tecnologias agrícolas de baixo custo para o território, visando, fundamentalmente, à auto-suficiência na produção de alimentos. Em 1981, a partir da experiência do Núcleo de Pesquisa, foi criada, com o apoio do governo do Amapá, a Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Macapá (UEPAT de Macapá), com sede na capital do território. O Núcleo tinha como objetivo de gerar e/ou adaptar tecnologias adequadas às condições ecológicas regionais.

Com a criação do Estado do Amapá, a Unidade passou a assumir uma nova identidade: Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Macapá) que, em 1º de março de 1991, foi transformada em Centro de Pesquisa Agroflorestal do Amapá (CPAF Amapá), visando proporcionar o fortalecimento das ações de pesquisa voltadas para a geração de conhecimentos básicos e de tecnologias, que propiciassem o desenvolvimento sustentado do Amapá. Essas ações foram desenvolvidas por meio de uma política harmoniosa de utilização e conservação dos recursos naturais. Além disso, o Centro pode desempenhar um papel estratégico muito importante, no que se refere ao relacionamento do Brasil com os países fronteiriços, localizados na Bacia Amazônica. Atualmente a Unidade é denominada Embrapa Amapá. 

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A Embrapa atua no Estado do Amazonas desde 1974, por meio da Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Manaus) e do Centro Nacional de Pesquisa de Seringueira e Dendê (CNPSD). Com a fusão das Unidades em 1989, passou a chamar-se Centro de Pesquisa Agroflorestal da Amazônia Ocidental (CPAA), e atualmente é denominada Embrapa Amazônia Ocidental.

A Unidade atende a demandas dos mercados local e regional dentro do programa de agricultura familiar, principalmente com mandioca, cultivo de grãos e olericultura; do mercado nacional realizando pesquisas com fruteiras tropicais, dendê, seringueira, espécies florestais, guaraná e piscicultura; e do mercado internacional, com a produção de sementes de dendê.

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Em seu ciclo histórico, a Embrapa Amazônia Oriental passou por diversas mudanças institucionais relativas à sua missão e mandato. A exemplo da Embrapa Amapá, a Embrapa Amazônia Oriental também originou-se do Instituto Agronômico do Norte (IAN), fundado em 1939 e transformou-se no Instituto de Pesquisa e Experimentação Agropecuária do Norte (IPEAN), em 1962. Com a criação da Embrapa, passou a denominar-se Centro de Pesquisa Agropecuária do Trópico Úmido (CPATU), em 1976 e, posteriormente, Centro de Pesquisa Agroflorestal da Amazônia Oriental, hoje com seu nome síntese de Embrapa Amazônia Oriental.

A Unidade possui uma capacidade instalada relevante para o cumprimento de sua missão, seja quanto à sua infra-estrutura laboratorial como de seus recursos humanos. A Unidade tem funcionários distribuídos na sede, em Belém, e em Campos Experimentais, localizados nos principais pólos de desenvolvimento do estado. Esse aparato apresenta uma capacidade técnico-científica e de apoio técnico que credencia a Embrapa Amazônia Oriental a atender as demandas do agronegócio regional, na geração de conhecimentos, tecnologias, produtos e serviços com elevado grau de qualidade.

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A Embrapa Rondônia foi instalada Território Federal de Rondônia, em julho de 1975, com a criação da Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Porto Velho. Com a elevação de Rondônia a estado, em dezembro de 1981, a Unidade assumiu uma nova identidade: Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual. Em 1990, foi transformada em Centro de Pesquisa Agroflorestal de Rondônia. Sua missão é viabilizar soluções tecnológicas para o desenvolvimento sustentável do agronegócio da Amazônia, com foco em Rondônia, por meio da geração, adaptação e transferência de conhecimentos e tecnologias, em benefício da sociedade.

Inicialmente suas pesquisas eram voltadas para pastagens, seringueira, café, consórcios de culturas perenes, bubalinocultura, solos e culturas anuais. Nessa época foram implementados os laboratórios de solos, sanidade animal e sementes.Na década de 1980 a Unidade teve um grande aporte de pesquisadores, laboratórios e campos experimentais. Como conseqüência, novas linhas de pesquisa foram desenvolvidas, como olericultura, fruticultura, bovinocultura leiteira, pecuária de corte e leite com animais de médio porte (caprinos e ovinos), culturas industriais como guaraná, pimenta do reino, algodão, soja e florestas. Foram implementados novos laboratórios como os de fitopatologia e entomologia. Na década de 1990, a Unidade passou a pesquisar com mais intensidade os sistemas agroflorestais, além de dar continuidade a várias linhas de pesquisa iniciadas na década anterior. Atualmente, iniciam-se novas linhas de pesquisa, como biologia aplicada à parasitologia e diagnóstico bacteriológico de bovinos e bubalinos, micropropagação de espécies de interesse para a região, floricultura tropical e plantas medicinais.

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A Embrapa Roraima é um centro ecorregional da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. A presença da Embrapa no Estado de Roraima vem antes dos anos de 1980, quando pesquisadores lotados na Embrapa Amazônia Ocidental, localizada em Manaus, realizavam pesquisas no estado como extensão das ações desenvolvidas no Estado do Amazonas. Porém, só em 1980 foi instalado em Boa Vista, RR, o Núcleo de Execução de Pesquisa vinculado ao Centro de Pesquisa Agropecuária do Tropico Úmido (CPATU) com sede na cidade de Belém, PA, hoje Embrapa Amazônia Oriental.

Em 13 de agosto de 1981 foi criada, pela Embrapa, a Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Boa Vista (UEPAT de Boa Vista), que teve sua sede instalada no ano seguinte na cidade de Boa Vista. Com a promulgação da Constituição Federal do Brasil em 1978, a Unidade passou a ter a denominação de Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Boa Vista). Em 1985 a sede administrativa passou a funcionar no distrito industrial da cidade e, em 1991, esta Unidade regional foi transformada em Centro de Pesquisa Agroflorestal de Roraima – CPAF-RR , conhecida pelo nome síntese de Embrapa Roraima.

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