Todos os resíduos perigosos (Classe I) gerados nos laboratórios são segregados e armazenados em recipientes apropriados e rotulados até o momento do tratamento ou da destinação final. Nos últimos anos, um grande esforço foi empregado no sentido de reduzir ou deixar de gerar alguns desses resíduos, seja pela substituição de reagentes tóxicos, seja pela aquisição de equipamentos que tornam as análises e experimentos mais eficientes quanto ao consumo de reagentes. Alguns exemplos são a substituição da metodologia de marcação de DNA, eliminando o uso de brometo de etídeo; a aquisição de analisador automático de carbono, substituindo o método anterior que utilizava reagente contendo cromo VI; a aquisição de analisador automático de nitrogênio, substituindo o método anterior que utilizava reagentes corrosivos; a aquisição de extrator pressurizado de gorduras, permitindo a recuperação e a reutilização de até 90% dos solventes utilizados.
 
Alguns dos resíduos gerados na Unidade passíveis de tratamentos químicos simples como neutralização, precipitação ou diluição são tratados no próprio laboratório gerador ou no Laboratório de Gerenciamento de Resíduos, seguindo procedimentos operacionais padrão (POPs) estabelecidos e atualizados regularmente pela equipe do Setor de Gestão de Laboratórios. 
 
Seguindo procedimentos recomendados em regulamentos técnicos, os resíduos perigosos cuja geração não pode ser eliminada, que não podem ser reduzidos ou tratados, são transportados e encaminhados para incineração em condições controladas ou disposição em Aterro Classe I, por empresas especializadas.