Reciclagem, Logística Reversa e Tratamento de Efluente
 
No final de 2011, foi elaborado o Plano de Gerenciamento de Resíduos Sólidos da Unidade, como uma das exigências da Superintendência Regional de Regularização Ambiental (Supram – Central Metropolitana) para o licenciamento ambiental. Esse documento é revisado pela equipe do Comitê Local de Sustentabilidade (CLS) a cada dois anos, incorporando melhorias à medida que a legislação e os acordos setoriais vão evoluindo.
 
Em linhas gerais, os resíduos comuns recicláveis são recolhidos pela Associação de Catadores de Materiais Recicláveis de Sete Lagoas-MG, em conformidade com a Coleta Seletiva Cidadã criado pelo Decreto Federal nº 10.936/2022. Foi construído, próximo ao Prédio Principal da Embrapa Milho e Sorgo, o Gerenciamento de Resíduos Sólidos (Geresol), prédio para armazenamento temporário de resíduos recicláveis (papel, plástico, vidro, metal) e não-recicláveis. Os resíduos comuns não-recicláveis são encaminhados ao Aterro Sanitário de Sete Lagoas. 
 
Outros resíduos que demandam maior atenção em função do risco para o meio ambiente e para a saúde dos empregados são as lâmpadas fluorescentes contendo mercúrio em sua composição. Pilhas e baterias comuns são encaminhadas para empresa especializada em descontaminação; as baterias usadas de veículos contendo chumbo, que são trocadas por baterias novas, garantindo a devolução desses materiais ao fabricante, que é responsável por sua reciclagem; o óleo lubrificante usado nos veículos, que é recolhido em tambores próximos ao local de troca e, ao atingir determinado volume, é recolhido por empresa especializada no transporte e rerrefino desse material; as embalagens de óleo lubrificante são recolhidas pelo Programa Jogue Limpo (logística reversa); outros resíduos contendo óleo como filtros, estopas, etc, são encaminhados para incineração ou Aterro Classe I. 
 
As áreas de abastecimento de combustíveis e de lavação de veículos receberam ampla reforma, adequando-se à legislação ambiental e garantindo que efluentes contendo resíduos de óleo recebam separação prévia antes de serem lançados no solo ou no curso d'água. O óleo separado dos efluentes é encaminhado para reciclagem juntamente com o óleo lubrificante usado e os sedimentos recolhidos são encaminhados para tratamento biológico ou para Aterro Classe I.
 
No que se refere aos efluentes líquidos resultantes de esgotamento sanitário da Unidade, grande parte deles é recolhido por uma rede coletora e direcionado à uma Estação de Tratamento de Esgotos (ETE) que, conforme análises físico-químicas realizadas, é capaz de eliminar cerca de 75% da matéria orgânica (DQO), garantindo a conformidade de quase todos os parâmetros exigidos por lei para lançamento em cursos d'água (DBO, DQO, Sólidos Sedimentáveis, Sólidos Totais em Suspensão, Óleos e Graxas). 
 
Nas edificações que, pela distância, faz-se inviável sua ligação à rede coletora da ETE (guaritas, residências funcionais e outras), foram instaladas 25 fossas sépticas, eliminando o mesmo número de fossas negras que funcionavam nesses locais.