Em toda a área da Fazenda Experimental da Embrapa Milho e Sorgo são observadas e aplicadas as melhores práticas conservacionistas de solo e água disponíveis, tais como plantio direto, construção de barraginhas e de terraços para eliminação de enxurradas, entre outras. As Áreas de Proteção Permanente (APPs) previstas em lei foram delimitadas e eliminadas quaisquer atividades experimentais antes realizadas nelas. Como parte do processo de licenciamento ambiental da Unidade, foi elaborado e iniciada a implantação do Projeto Técnico de Recomposição da Flora (PTRF) nas APPs, no qual se destaca o plantio e manutenção nessas áreas de mudas de espécies nativas adaptadas à região. A reserva legal foi devidamente delimitada, dimensionada e averbada junto aos órgãos competentes, constituindo cerca de 50% da área total da fazenda.
 
Uma ação que tem sido indispensável para a manutenção da diversidade de fauna e flora da Fazenda Experimental é o treinamento e manutenção de uma brigada de incêndio formada por empregados da Unidade, além da abertura e manutenção de aceiros e vigilância constante na área onde iniciam-se os principais focos de queimadas criminosas.
 
Outra ação relacionada ao licenciamento ambiental foi a elaboração da planta topográfica de toda a área da Unidade incluindo os canais de água e lagoas naturais existentes, a identificação e a caracterização de todos os pontos de captação ou desvio de água, processo que resultou na protocolização do pedido de outorga para uso de água.
 
Também foi exigida e executada uma prospecção espeleológica, que consiste em um estudo de identificação e análise de relevância das cavidades naturais subterrâneas existentes na Fazenda Experimental, destacando todas as feições cársticas da área de influência da Fazenda Experimental.