A Embrapa Rondônia foi criada em 10 de julho de 1975, com sede em Porto Velho-RO, como Unidade Descentralizada da Embrapa. 
Recebeu o nome de Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Porto Velho (UEPAT) e, posteriormente, em 1983, em razão da transformação de Rondônia de território para estado, passa a se chamar Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE).
Em março de 1991 a Unidade ganha um novo nome - Centro de Pesquisa Agroflorestal de Rondônia (CPAF-RO) – tendo como missão institucional viabilizar soluções de pesquisa, desenvolvimento e inovação para a sustentabilidade da agricultura na Amazônia, com ênfase em Rondônia, em benefício da sociedade brasileira.
Atualmente, são desenvolvidas pesquisas voltadas para melhoramento genético, biotecnologia, qualidade do leite, recuperação de pastagens, integração lavoura-pecuária-florestas, culturas anuais e recursos florestais, fruto de atividades desenvolvidas nos laboratórios e nos três campos experimentais que integram a Unidade.