A origem da Embrapa Tabuleiros Costeiros remonta à Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual de Quissamã – UEPAE de Quissamã, criada em 1975, responsável, então, pelas pesquisas com coco, mandioca, milho, feijão, algodão e pecuária de corte e leite.

Em 3 de agosto de 1979, a Unidade de Pesquisa, com a mudança de sua sede para Aracaju por meio da Deliberação nº. 21/79, foi denominada UEPAE de Aracaju e, pela sua tradição e referência com a cultura do coco, em 1981 passou a coordenar o então criado Programa Nacional de Pesquisa de Coco, sendo em 1985 transformada em Centro Nacional de Pesquisa de Coco – CNPCo.

Em 1993, com uma nova visão de cenários alternativos para a pesquisa agropecuária brasileira, com base no planejamento estratégico instituído pela Embrapa e visando à criação de um novo modelo institucional capaz de incorporar as novas demandas, desafios, valores, conceitos e premissas colocados pela sociedade, o CNPCo passou de centro temático de produto para uma Unidade Descentralizada de Natureza Ecorregional, de visão mais abrangente, tendo a ecorregião dos Tabuleiros Costeiros e Baixada Litorânea como principal área de atuação.