Desde 2014, a Embrapa promove o Workshop Nichos de Mercado para o Setor Agroindustrial com o objetivo de apresentar ao setor agropecuário a atuação da Empresa nessa área.

Em setembro de 2014, o I Workshop Nichos de Mercado para o Setor Agroindustrial reuniu, em Campinas (SP), mais de 150 participantes de diversas instituições, sendo 25 representantes de empresas privadas e 13 de instituições públicas, além de diversas Unidades de Pesquisa da Embrapa. O evento foi realizado em parceria com a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), e permitiu a articulação com diferentes empresas do segmento agroindustrial que atuam no mercado de nichos de produtos orgânicos, hortaliças, frutas, produtos e subprodutos da criação de caprinos e ovinos.

O II Workshop ocorreu em dezembro de 2015, em Belo Horizonte (MG), quando foram a apresentados e discutidos estudos de casos relativos aos segmentos de milho verde, milho doce, de farinha de sorgo para uso na alimentação humana, biofábricas voltadas à produção de bioinseticidas, e também a estruturação da cadeia produtiva de sementes e mudas de espécies florestais nativas.

Em setembro de 2016, o III Workshop teve como tema as Espécies Nativas do Brasil: conhecimento, tecnologias e negócios. Realizado na cidade de Campinas (SP), esta edição contou com a presença de 208 participantes de 77 empresas privadas, 20 universidades e 20 instituições públicas, dos diferentes elos das cadeias produtivas - produção, indústria, varejo, pesquisa, fomento, entre outros. Durante o evento foi debatido o aproveitamento responsável dos produtos da biodiversidade brasileira, bem como o conhecimento sobre o uso de matérias-primas de espécies nativas como frutas, castanhas, palmito, peixes e recursos florestais não madeireiros nativos, sua aplicação na indústria de alimentos e nas indústrias de cosméticos e fragrâncias.