O advento das novas tecnologias de sequenciamento de DNA viabilizaram a concepção e execução de novos projetos, que se baseiem em abordagens como resequenciamento, sequenciamento de novo, genotipagem por sequenciamento, imputação, metagenômica, etc., mas que demandam armazenamento, tratamento e análise de uma quantidade muito grande de dados. O grande desafio deste projeto, na fase II da Rede Genômica Animal (RGA), é, em parceria com o Laboratório Multiusuário de Bionformática da Embrapa (LMB), disponibilizar soluções de bioinformática para alavancar os projetos agregados à RGA e os novos projetos que se baseiem na utilização de dados oriundos das novas tecnologias de sequenciamento. Além disso, este projeto também se ocupará de prover ferramentas de bioinformática para suporte aos programas de melhoramento que objetivam incorporar a seleção genômica como ferramenta para avaliação e seleção de animais de mérito genético superior; suporte à prospecção de genes que afetam características de interesse pecuário; suporte aos projetos que visam gerar informações e ferramentas básicas para espécies pouco caracterizadas, em fase de domesticação e pré-melhoramento; suporte aos projetos de metagenômica que visam caracterizar populações de micro-organismos dos aparelhos digestivo e reprodutivo, glândula mamária, etc., com o objetivo de desenvolver ferramentas e processos biotecnológicos inovadores, como por exemplo, a diminuição da produção de gás metano mesentérico, o melhoramento do desempenho produtivo e reprodutivo dos animais em questão, entre outros.