Com o intuito de verificar os efeitos positivos ou negativos das intervenções da atividade agropecuária no meio ambiente, a Embrapa Agrobiologia estuda e analisa uma série de indicadores, que possibilitam avaliar, por exemplo, a qualidade do solo e do ambiente como um todo, o incremento da biodiversidade, a emissão de gases de efeito estufa e os benefícios sociais e econômicos gerados pelas tecnologias aplicadas em campo. As análises podem ser feitas tanto na etapa de desenvolvimento das pesquisas quanto no monitoramento da adoção de tecnologias e metodologias propostas. Dentre os indicadores, alguns estudados são as enzimas e a fauna do solo, a biomassa microbiana, o banco de plântulas, entre outros.